使用cpassoc跨性状关联分析 — CPASSOC_meta

该函数用于进行跨性状关联分析（CPASSOC）。详细信息请参考：链接。输入数据应包含SNP、CHR、BP、effect_allele、other_allele和Z列。

Usage

CPASSOC_meta_gwas(
  GWASfile = c("./dat1_MTAG.txt", "./dat2_MTAG.txt"),
  GWAS_samplesizes = c(10000, 2000),
  GWAS_name = NULL,
  mvrnorm_n = 1e+06,
  methods_sig = "SHet",
  sig_pval = 5e-08,
  bfile = NULL,
  window_kb = 500,
  step_SNP = 50,
  r2 = 0.2,
  save_name = "CPASSOC",
  save_path = "./CPASSOC",
  cores = 4
)

Arguments

GWASfile: 字符串或字符向量，包含两个或多个GWAS数据文件的路径，可以使用format_dat()函数转换为MTAG格式数据，例如：c("./dat1_MTAG.txt", "./dat2_MTAG.txt")。
GWAS_samplesizes: 数字向量，性状样本量的大小，例如：c(10000, 2000)。
GWAS_name: 字符串向量，输入GWAS性状的名称，例如：c("trait1", "trait2")。
mvrnorm_n: 数字，生成的多元正态分布随机样本的数量，默认为1e6。
methods_sig: 字符串，显著性SNP提取的方法，支持"SHet"或"SHom"，默认值为"SHet"。
sig_pval: 数字，跨性状关联分析的SNP显著性阈值，默认值为5e-8。
bfile: 字符串或NULL，指定参考面板数据文件的路径，用于成对LD修剪。若为NULL，则不进行成对LD修剪。
window_kb: 数字，LD修剪时的窗口大小，默认为500kb。
step_SNP: 数字，LD修剪时每一步窗口的SNP数量，默认为50。
r2: 数字，成对LD修剪时r²（连锁不平衡的平方相关系数）的阈值。
save_name: 字符串，保存结果文件的文件名称，默认为"CPASSOC"。
save_path: 字符串，文件保存路径，默认为"./CPASSOC"。
cores: 数字，进行并行运算时使用的线程数，默认为4。

Value

返回显著性关联分析结果的数据框。