简化的贝叶斯精细定位方法（FM-summary）
FM_summary.Rd它通过计算每个目标SNP及其附近变异的后验包含概率（PIP）来评估变异与疾病/性状关联的可信度，并生成99%可信的因果变异集合。
Usage
FM_summary(
GWASfile = "xxx.txt",
bfile = "G:/QTLMR_test/1kg.v3/EUR",
index_snps = c("rs11966200", "rs145365399", "rs9391847"),
index_snp_wind_kb = 500,
R2_threshold = 0.4,
snp_col = "SNP",
chr_col = "chr",
pos_col = "pos",
pval_col = "pval",
save_name = "index",
save_path = "./FM"
)Arguments
- GWASfile
字符串，输入的GWAS结果文件路径，文件应为txt格式，包含SNP、染色体、位置、p值等信息。
- bfile
字符串，千人基因组参考面板数据文件路径。勿使用MAF>0.01版本，完整版下载地址：http://fileserve.mrcieu.ac.uk/ld/1kg.v3.tgz。
- index_snps
向量，index SNP集合，函数将聚焦于index SNP进行分析。
- index_snp_wind_kb
数字，index SNP周围的窗口大小，用于提取关联的变异，默认上下游500kb。
- R2_threshold
数字，R²值的阈值，用于筛选与目标SNP关联性较高的变异。
- snp_col
字符串，GWAS数据中SNP列的名称，默认为"SNP"。
- chr_col
字符串，GWAS数据中染色体列的名称，默认为"chr"。
- pos_col
字符串，GWAS数据中变异位置列的名称，默认为"pos"。
- pval_col
字符串，GWAS数据中p值列的名称，默认为"pval"。
- save_name
字符串，结果文件保存的前缀名称。
- save_path
字符串，保存结果文件的路径，若路径不存在则自动创建。