基于GCTA_fastBAT的gene-based关联分析研究
GCTA_fastBAT.Rd该函数用于执行GCTA软件包中的FastBAT分析，基于给定的GWAS数据文件和基因列表文件，进行快速的基因-表型关联分析，详见：https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/#fastBAT。
Usage
GCTA_fastBAT(
GWSAfile = "./Migraine_SMR_FinnGen.ma",
bfile = "./1.data/1000G/EUR",
gene_list = "./glist-hg38",
maf = 0.01,
cores = 6,
opt_arguments = NULL,
save_name = "Migraine",
save_path = "fastBAT"
)Arguments
- GWSAfile
字符串，指定输入.ma格式的GWAS结果文件路径（如：
Migraine_SMR_FinnGen.ma）。- bfile
字符串，进行基因型数据的连锁不平衡（LD）估计时的参考面板文件的前缀路径（如：
./1.data/1000G/EUR）。- gene_list
字符串，指定基因列表文件的路径（如：
./glist-hg38）。- maf
数值，指定过滤的最小等位基因频率（MAF），默认值为0.01。
- cores
数值，指定要使用的CPU线程数量，默认值为2。
- opt_arguments
字符串或NULL，额外的命令行参数，用于GCTA的FastBAT分析（默认为NULL）。
- save_name
字符串，指定输出结果文件的名称。
- save_path
字符串，指定结果文件保存路径。