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使用GNOVA进行遗传协方差分析

GNOVA_run.Rd

该函数用于调用GNOVA进行遗传协方差分析，官网地址：https://github.com/qlu-lab/GNOVA-2.0。

Usage

GNOVA_run(
  test_help = FALSE,
  Sumstatsfile = c("./Frailty.sumstats.gz", "./Insomnia.sumstats.gz"),
  N1 = NULL,
  N2 = NULL,
  bfile = "./1000G.EUR.QC.@",
  annot = NULL,
  opt_arguments = NULL,
  save_name = "results",
  save_path = "./GNOVA"
)

Arguments

test_help

是否显示帮助信息 (默认：FALSE)。

Sumstatsfile

包含两个GWAS总结统计数据.sumstats.gz格式文件路径的字符向量文件路径。

N1

第一个总结统计文件的样本量 (默认：NULL)。

N2

第二个总结统计文件的样本量 (默认：NULL)。

bfile

Plink格式的基因型数据文件名前缀路径，包含".bed"、".bim"、".fam"三个文件。

annot

注释文件的路径，如果进行注释分层分析需要提供该参数。

opt_arguments

其他可选参数，可以在此处提供额外的命令行参数。

save_name

保存结果的文件名，默认："results"。

save_path

结果文件保存路径，默认："./GNOVA"。

Value

返回一个数据框，包含以下字段：

  • annot_name: 注释的名称。

  • annot_name: 注释名称。

  • rho: 遗传协方差估计值。

  • rho_corrected: 考虑样本重叠校正后的遗传协方差估计值。

  • se_rho: 遗传协方差估计值的标准误。

  • pvalue_cov: 遗传协方差统计检验的p值。

  • pvalue_corrected_cov: 考虑样本重叠校正后的遗传协方差统计检验的p值。

  • corr: 遗传相关性估计值。

  • se_corr: 遗传相关性估计值的标准误。

  • corr_corrected: 考虑样本重叠校正后的遗传相关性估计值。

  • se_corr_corrected: 考虑样本重叠校正后的遗传相关性估计值的标准误。

  • pvalue_corr: 遗传相关性统计检验的p值。

  • pvalue_corrected_corr: 考虑样本重叠校正后的遗传相关性统计检验的p值。

  • h2_1: 第一个性状的遗传力估计值。

  • h2_2: 第二个性状的遗传力估计值。