使用liftover转换GWAS数据的基因组版本
GWAS_liftover.Rd参数详见函数MungeSumstats::liftover。
Usage
GWAS_liftover(
GWAS,
build_from = "hg38",
build_to = "hg19",
chain_file = NULL,
chain_source = "ensembl",
imputation_ind = FALSE,
chrom_col = "CHR",
start_col = "BP",
as_granges = FALSE,
style = "NCBI",
verbose = TRUE,
save_name = "liftover_GWAS",
save_path = NULL
)Arguments
- GWAS
环境变量中的GWAS数据。
- build_from
GWAS数据的版本，支持"GRCh38/hg38"或"GRCh37/hg19"。
- build_to
转换后的GWAS数据版本，支持"GRCh38/hg38"或"GRCh37/hg19"。
- chain_file
链文件路径，用于基因组版本转换，例如"./GRCh38_to_GRCh37.chain"。默认为NULL时，则自动下载。
- chain_source
链文件来源，可选"ensembl"或"ucsc"，默认为"ensembl"。
- imputation_ind
是否对丢失的位置信息进行插补，默认为FALSE。
- chrom_col
GWAS数据中染色体列的列名，默认为"CHR"。
- start_col
GWAS数据中起始位点列的列名，默认为"BP"。
- as_granges
是否返回GRanges对象，默认为FALSE。
- style
输出数据的基因组风格，支持"NCBI"或"UCSC"，默认为"NCBI"。
- verbose
是否打印详细信息，默认为TRUE。
- save_name
分析结果保存文件名。
- save_path
分析结果保存路径，默认NULL，则不保存文件。