从gencodegenes的gtf.gz原始数据获取基因信息

该函数从Gencode基因组注释的gtf.gz文件中提取基因信息。原始数据可以通过官网下载：Gencode human data。

Usage

Gene_start_end_info_GTF(
  GTF_file = "./inputdata/gencode.v19.chr_patch_hapl_scaff.annotation.gtf.gz",
  save_name = "GRCh37",
  save_path = "./outdata/GRCh37"
)

Arguments

GTF_file

字符串，基因注释原始gtf.gz文件路径。

save_name

字符串，指定输出文件的名称。

save_path

字符串，指定输出文件保存的路径，默认为当前工作目录。

Value

data，包含基因信息的数据框，包含基因名称、ENSG ID、基因所在染色体、起始位置、结束位置等信息。