使用HDL包进行局部遗传相关性分析
HDL_L.Rd应用HDL方法计算两种性状之间的局部遗传相关性。
Usage
HDL_L(
GWASfile = c("./2.pre_data/Frailty_MTAG.txt", "./2.pre_data/Insomnia_MTAG.txt"),
Trait1name = "Trait1",
Trait2name = "Trait2",
LD.path = "G:/QTLMR_test/HDL/LD.path",
bim.path = "G:/QTLMR_test/HDL/bimfile",
Nref = 335272,
N0 = NULL,
start_loc = NULL,
end_loc = NULL,
eigen.cut = 0.99,
intercept.output = FALSE,
fill.missing.N = NULL,
lim = exp(-18),
alpha = 0.05,
save_name = "rg",
save_path = "./HDL",
cores = 5
)Arguments
- GWASfile
包含两种性状GWAS汇总统计数据的MTAG格式文件路径向量。如
c("./2.pre_data/Frailty_MTAG.txt", "./2.pre_data/Insomnia_MTAG.txt")。- Trait1name
性状1的名称。
- Trait2name
性状2的名称。
- LD.path
存放连锁不平衡（LD）信息的目录路径。LD数据用于计算LD矩阵。
- bim.path
存放解压后的
bimfile.zip文件的目录路径，用于LD计算。- Nref
参考样本的样本大小，用于计算LD矩阵。UKB生物库数据默认值为335272。若使用UKB-ppp cis-pQTL，样本量为 54219。
- N0
用于遗传相关性估计的样本数量。若为NULL，默认使用两个GWAS数据集中的最小样本量。
- start_loc
遗传相关性分析的起始位置（染色体区域），默认为NULL时，则对所有区域进行分析。
- end_loc
遗传相关性分析的结束位置（染色体区域），默认为NULL时，则对所有区域进行分析。
- eigen.cut
用于HDL方法计算时的特征值阈值。默认值为0.99。
- intercept.output
是否输出截距项。默认为FALSE。
- fill.missing.N
如何处理SNP的缺失样本量（N）。默认为NULL，表示删除缺失N的SNP。可以选择 "median"、"min" 或 "max" 进行填充。
- lim
公差限制，用于控制计算精度。默认为
exp(-18)。- alpha
计算似然置信区间时的显著性水平。默认为0.05。
- save_name
结果输出文件的前缀名称。
- save_path
输出结果的保存路径。
- cores
并行运行的线程数量。