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使用HESS软件计算性状遗传协方差和相关性(ρ-HESS)

HESS_estimate_correlation.Rd

官网：https://huwenboshi.github.io/hess/local_rhog/， 在第一步中，HESS 计算 LD 矩阵的特征值，GWAS 效应大小向量的平方投影到每个性状 LD 矩阵的特征向量上，以及 GWAS 效应大小向量投影到特征向量上的乘积，此步耗时较长。 在第二步中，HESS 使用步骤1的输出来获得每个性状的局部 SNP 遗传力的估计值。 在第三步，HESS 利用第二步的输出得到局部遗传协方差估计及其标准误差。

Usage

HESS_estimate_correlation(
  Sumstatsfile = c("./XXX.sumstats", "./XXX.sumstats"),
  bfile = "./1kg_eur_1pct/1kg_eur_1pct_chr",
  partition = "./ldetect-data/EUR/fourier_ls-all.bed",
  reinflate_lambda_gc = NULL,
  tot_hsqg = NULL,
  num_shared = 0,
  pheno_cor = 0,
  start_chr = 1,
  end_chr = 22,
  opt_arguments_step1 = NULL,
  opt_arguments_step2 = NULL,
  opt_arguments_step3 = NULL,
  skip_step1 = FALSE,
  save_name = " ",
  save_path = " ",
  cores = 1
)

Arguments

Sumstatsfile

第一步参数，两个性状.sumstats格式文件路径，例如c("./XXX.sumstats","./XXX.sumstats")。

bfile

第一步参数，PLINK格式的参考面板文件。

partition

第一步参数，用于指定基因组分区文件。

reinflate_lambda_gc

第二、三步参数，通过基因组控制因子重新填充汇总统计数据。

tot_hsqg

第二步参数，GWAS数据总的SNP遗传性和标准误。

num_shared

第三步参数，共享样本数，默认为 0。

pheno_cor

第三步参数，表型相关性，默认为 0。

start_chr

第一步参数，需要分析的染色体起始序号。

end_chr

第一步参数，需要分析的染色体终止序号。

opt_arguments_step1

step1其他命令行参数，默认NULL。

opt_arguments_step2

step2其他命令行参数，默认NULL。

opt_arguments_step3

step3其他命令行参数，默认NULL。

skip_step1

是否跳过第一步，直接进行第二步、第三步计算。用于调整第二步，第三步参数后再次计算。

save_name

保存文件的文件名称。

save_path

文件保存路径。

cores

并行运算电脑的线程数。

Value

返回计算结果。