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使用HESS软件计算性状遗传协方差和相关性(ρ-HESS)

HESS_estimate_correlation.Rd

该函数使用HESS软件计算性状之间的遗传协方差和相关性。HESS的计算过程包括三步：

  • 第一步，计算LD矩阵的特征值，GWAS效应大小向量的平方投影到每个性状LD矩阵的特征向量上，以及GWAS效应大小向量投影到特征向量上的乘积，此步耗时较长。

  • 第二步，利用第一步的输出获得每个性状的局部SNP遗传力估计。

  • 第三步，根据第二步的输出计算局部遗传协方差估计及其标准误差。 更多信息请访问官网：https://huwenboshi.github.io/hess/local_rhog/

Usage

HESS_estimate_correlation(
  Sumstatsfile = c("./XXX.sumstats", "./XXX.sumstats"),
  bfile = "./1kg_eur_1pct/1kg_eur_1pct_chr",
  partition = "./ldetect-data/EUR/fourier_ls-all.bed",
  reinflate_lambda_gc = NULL,
  tot_hsqg = NULL,
  num_shared = 0,
  pheno_cor = 0,
  start_chr = 1,
  end_chr = 22,
  opt_arguments_step1 = NULL,
  opt_arguments_step2 = NULL,
  opt_arguments_step3 = NULL,
  skip_step1 = FALSE,
  save_name = " ",
  save_path = " ",
  cores = 1
)

Arguments

Sumstatsfile

字符串向量，包含两个性状的.sumstats格式文件路径，例如c("./XXX.sumstats","./XXX.sumstats")。

bfile

字符串，PLINK格式的参考面板文件路径。

partition

字符串，基因组分区文件路径。

reinflate_lambda_gc

字符串，第二、三步参数，通过基因组控制因子重新填充汇总统计数据。

tot_hsqg

数值，GWAS数据总的SNP遗传性和标准误。

num_shared

数值，共享样本数，默认为0。

pheno_cor

数值，表型相关性，默认为0。

start_chr

数值，需要分析的染色体起始序号。

end_chr

数值，需要分析的染色体终止序号。

opt_arguments_step1

字符串，第一步的其他命令行参数，默认NULL。

opt_arguments_step2

字符串，第二步的其他命令行参数，默认NULL。

opt_arguments_step3

字符串，第三步的其他命令行参数，默认NULL。

skip_step1

逻辑值，是否跳过第一步，默认为FALSE。如果跳过第一步，将直接进行第二步和第三步计算。

save_name

字符串，保存文件的文件名称。

save_path

字符串，文件保存路径。

cores

数值，计算机的线程数，默认为1。

Value

返回计算结果，包含遗传协方差和相关性估计值。