使用HESS软件计算单一性状局部SNP遗传力及标准误差
HESS_estimate_heritability.Rd该函数使用HESS软件计算单一性状的局部SNP遗传力及其标准误差。计算过程包括两个主要部分：
第一步，计算LD矩阵的特征值，并将GWAS效应大小向量的平方投影到LD矩阵的特征向量上。
第二步，使用第一步的输出获得局部SNP遗传力的估计值及其标准误差。 更多信息请访问官网：https://huwenboshi.github.io/hess/local_hsqg/
Usage
HESS_estimate_heritability(
Sumstatsfile = "./XXX.sumstats",
bfile = "./1kg_eur_1pct/1kg_eur_1pct_chr",
partition = "./ldetect-data/EUR/fourier_ls-all.bed",
reinflate_lambda_gc = NULL,
tot_hsqg = NULL,
start_chr = 1,
end_chr = 22,
opt_arguments_step1 = NULL,
opt_arguments_step2 = NULL,
save_name = "res",
save_path = "./",
cores = 1
)Arguments
- Sumstatsfile
字符串，单个.sumstats格式文件路径。
- bfile
字符串，PLINK格式的参考面板文件路径。
- partition
字符串，用于指定基因组分区文件的路径。
- reinflate_lambda_gc
字符串，通过基因组控制因子重新填充汇总统计数据。
- tot_hsqg
数值，GWAS数据总的SNP遗传性和标准误。
- start_chr
数值，需要分析的染色体起始序号。
- end_chr
数值，需要分析的染色体终止序号。
- opt_arguments_step1
字符串，第一步的其他命令行参数，默认NULL。
- opt_arguments_step2
字符串，第二步的其他命令行参数，默认NULL。
- save_name
字符串，保存文件的文件名称。
- save_path
字符串，文件保存路径。
- cores
数值，计算机的线程数，默认为1。