使用HESS软件计算单一性状局部SNP遗传力及标准误差

官网：https://huwenboshi.github.io/hess/local_hsqg/，从 GWAS 数据计算本地SNP遗传性的步骤包括两个主要部分。 第一步，计算 LD 矩阵的特征值，并将GWAS效应大小向量的平方投影到LD矩阵的特征向量上。 第二步，使用第一步的输出来获得局部SNP遗传力的估计值及其标准误差。

Usage

HESS_estimate_heritability(
  Sumstatsfile = "./XXX.sumstats",
  bfile = "./1kg_eur_1pct/1kg_eur_1pct_chr",
  partition = "./ldetect-data/EUR/fourier_ls-all.bed",
  reinflate_lambda_gc = NULL,
  tot_hsqg = NULL,
  start_chr = 1,
  end_chr = 22,
  opt_arguments_step1 = NULL,
  opt_arguments_step2 = NULL,
  save_name = "res",
  save_path = "./",
  cores = 1
)

Arguments

Sumstatsfile

单个.sumstats格式文件路径。

bfile

PLINK格式的参考面板文件。

partition

用于指定基因组分区文件。

reinflate_lambda_gc

通过基因组控制因子重新填充汇总统计数据。

tot_hsqg

GWAS数据总的SNP遗传性和标准误。

start_chr

需要分析的染色体起始序号。

end_chr

需要分析的染色体终止序号。

opt_arguments_step1

step1其他命令行参数，默认NULL。

opt_arguments_step2

step2其他命令行参数，默认NULL。

save_name

保存文件的文件名称。

save_path

文件保存路径。

cores

并行运算电脑的线程数。

Value

返回计算结果。