将TwosampleMR格式转换成HESS分析输入格式数据
HESS_format_data.Rd该函数将标准的TwosampleMR格式数据转换为HESS分析所需的.sumstats格式数据。输出的文件包含以下列：CHR、BP、SNP、A1、A2、Z、N。详细信息请参考官网：https://huwenboshi.github.io/hess/input_format/
Usage
HESS_format_data(
GWASfile = " ",
N = NULL,
FOCUS_munge = FALSE,
gwas_loci = TRUE,
save_name = " ",
save_path = "./"
)Arguments
- GWASfile
字符串向量，标准的TwosampleMR格式数据文件路径。
- N
样本量，如果TwosampleMR格式数据的samplesize列为NA，则需要补充，默认为NULL。
- FOCUS_munge
是否调用FOCUS软件进行数据格式化，默认为FALSE。请注意，使用该方法生成的XXX.sumstats.gz文件需要解压为XXX.sumstats文件，才能被HESS软件读取。
- gwas_loci
是否保存性状的基因组信息（CHR和BP），默认为TRUE。
- save_name
指定输出文件名称。
- save_path
指定输出文件保存目录，默认为当前工作路径。如果设置为NULL，则不保存文件。