将TwosampleMR格式转换成HESS分析输入格式数据

输出.sumstats格式数据(表头：CHR BP SNP A1 A2 Z N )，官网：https://huwenboshi.github.io/hess/input_format/。

Usage

HESS_format_data(
  GWASfile = " ",
  N = NULL,
  FOCUS_munge = FALSE,
  gwas_loci = TRUE,
  save_name = " ",
  save_path = "./"
)

Arguments

GWASfile

字符串向量，标准的TwosampelMR格式数据文件路径。

N

样本量，如果TwosampelMR格式数据samplesize列为NA，需要补充，默认NULL。

FOCUS_munge

是否调用FOCUS软件格式化数据，默认FALSE。请注意，使用该方法生成的XXX.sumstats.gz文件需要解压成XXX.sumstats文件后，才能被HESS软件读取！

gwas_loci

TRUE或FALSE，是否保存性状的基因组信息(CHR BP)数据。

save_name

指定输出文件名称。

save_path

指定输出文件将保存的目录，默认当前工作路径下，如果设置为NULL，则不保存文件。

Value

data。