使用HESS软件推断性状特征之间因果关系并绘图

此函数使用HESS软件推断性状之间的因果关系并绘制结果图。详细说明请参见官网：https://huwenboshi.github.io/hess/infer_causality/。

Usage

HESS_putative_causality(
  local_rhog_est = "./step3.txt",
  local_hsqg_est = c("./step2_trait1.txt", "./step2_trait2.txt"),
  trait_names = c("trait1", "trait2"),
  gwas_loci = c("./trait1.gwas_loci.txt", "./trait2.gwas_loci.txt"),
  save_name = " ",
  save_path = "./"
)

Arguments

local_rhog_est

字符串，遗传协方差结果文件路径，例如"./step3.txt"。如果为NULL，则生成SNP遗传度曼哈顿图。

local_hsqg_est

字符串，遗传度结果文件路径，例如c("./step2_trait1.txt", "./step2_trait2.txt")。

trait_names

字符串向量，性状名称，例如c("trait1", "trait2")，需根据实际数据修改。

gwas_loci

字符串向量，性状的基因组信息（CHR BP），可通过HESS_format_data()函数转换获得。

save_name

字符串，保存文件的文件名。

save_path

字符串，文件保存路径。

Value

无返回值。