官网：https://huwenboshi.github.io/hess/infer_causality/。
Usage
HESS_putative_causality(
local_rhog_est = "./step3.txt",
local_hsqg_est = c("./step2_trait1.txt", "./step2_trait2.txt"),
trait_names = c("trait1", "trait2"),
gwas_loci = c("./trait1.gwas_loci.txt", "./trait2.gwas_loci.txt"),
save_name = " ",
save_path = "./"
)
Arguments
- local_rhog_est
遗传协方差结果文件路径名，例如"./step3.txt"。如果赋值为NULL，则SNP遗传度曼哈顿图。
- local_hsqg_est
遗传度结果文件路径名，例如c("./step2_trait1.txt","./step2_trait2.txt")。
- trait_names
性状名称，例如c("trait1", "trait2")，根据自己实际数据情况修改。
- gwas_loci
性状的基因组信息(CHR BP)，可由HESS_format_data()函数转换获得。
- save_name
保存文件的文件名称。
- save_path
文件保存路径。