Skip to contents

使用predixcan软件进行TWAS分析

JTI_predixcan_test.Rd

此函数使用predixcan软件进行转录组广泛关联分析（TWAS）。该分析方法可用于探究基因表达与表型之间的关联。更多信息请参见官网：https://github.com/hakyimlab/MetaXcan/tree/master。

Usage

JTI_predixcan_test(
  test_help = FALSE,
  GTEX_tissue = "all",
  model_db_path = "./JTI",
  covariance = "./JTI",
  gwas_file = "SNP_gwas_mc_merge_nogc.tbl.uniq",
  snp_column = "SNP",
  effect_allele_column = "A1",
  non_effect_allele_column = "A2",
  beta_column = "b",
  se_column = "se",
  opt_arguments = "--parallel",
  FDR_method = "bonferroni",
  save_path = "./"
)

Arguments

test_help

布尔值，是否调阅predixcan.py的帮助文档，默认值为FALSE。

GTEX_tissue

字符串或字符向量，GTEx v8组织类型，默认值为"all"，表示分析所有组织；也可以指定某些组织，如"JTI_Whole_Blood"。

model_db_path

字符串，预测模型所在文件夹的路径。

covariance

字符串，包含协方差数据的文件夹的路径。

gwas_file

字符串，GWAS文件的路径。

snp_column

字符串，包含RSID的列名。

effect_allele_column

字符串，包含效应等位基因的列名。

non_effect_allele_column

字符串，包含非效应等位基因的列名。

beta_column

字符串，GWAS文件中包含每个SNP效应值的列名。

se_column

字符串，GWAS文件中包含每个SNP标准误差值的列名。

opt_arguments

字符串，predixcan.py的其他命令行参数（设置test_help=TRUE查看），默认NULL。

FDR_method

字符串，P值的FDR矫正方法，"fdr"或"bonferroni"，默认"bonferroni"。

save_path

字符串，结果文件保存路径。

Value

生成一个 CSV 结果文件，每行代表一个基因在特定表型下的关联分析结果，包含以下字段：

  • gene: 基因 ID（ENSEMBL ID 或内含子 ID）。

  • effect: 估计的效应值，表示基因表达水平变化对表型的影响大小。

  • se: 估计的效应值标准误，衡量效应估计的不确定性。

  • zscore: 预测的关联 z 评分，反映基因表达水平与表型的关联方向和显著性。

  • pvalue: 关联分析的 p 值，评估基因表达水平与表型的统计显著性。

  • n_samples: 用于分析的样本数量，决定了统计检验的有效性。

  • status: 计算过程中是否存在错误，若有则记录具体错误信息。