使用ldscr包计算遗传力 — LDSC_ldscr

具体参数可参考函数ldscr::ldsc_h2()，数据必须包含samplesize样本量，不能缺失。

Usage

LDSC_ldscr_h2(
  GWASfile = "",
  ancestry,
  sample_prev = NA,
  population_prev = NA,
  ld,
  wld,
  n_blocks = 200,
  chisq_max = NA
)

GWASfile: 标准的TwosampelMR格式数据文件路径。
ancestry: 字符串，指定的人种，可选值为"AFR"（非洲人），"AMR"（美洲人），"CSA"（中南美洲人），"EAS"（东亚人），"EUR"（欧洲人），或 "MID"（中东人），将使用相应的内置ld和wld文件。如果为空，则用户必须指定ld和wld文件的路径。
sample_prev: 列表，包含当前样本中病例的患病率，用于将观察到的遗传力转换为患病率尺度上的遗传力。默认为NA，适用于定量性状或在观察尺度上估计遗传力。
population_prev: 列表，包含该性状的人群患病率，用于将观察到的遗传力转换为患病率尺度上的遗传力。默认为NA，适用于定量性状或在观察尺度上估计遗传力。
ld: 字符串，LD分数文件的目录路径，以*.l2.ldscore.gz 结尾。默认为NA，将使用ancestry参数指定的人种的内置LD分数文件。
wld: 字符串，权重文件的目录路径。默认为NA，将使用ancestry参数指定的人种的内置权重文件。
n_blocks: 数值，用于生成块交叉验证标准误差的块数。默认为200。
chisq_max: 数值，用于将SNPs包含在LD分数回归中的Z^2的最大值。默认为80和N*0.001的最大值。

data。