使用ldscr包计算交叉性状遗传相关性
LDSC_ldscr_rg.Rd
具体参数可参考函数ldscr::ldsc_rg(),数据必须包含samplesize样本量,不能缺失。
Usage
LDSC_ldscr_rg(
GWASfile = "",
ancestry,
sample_prev = NA,
population_prev = NA,
ld,
wld,
n_blocks = 200,
chisq_max = NA
)
Arguments
- GWASfile
字符串向量,标准的TwosampelMR格式数据文件路径。
- ancestry
字符串,指定的人种,可选值为"AFR"(非洲人),"AMR"(美洲人),"CSA"(中南美洲人),"EAS"(东亚人),"EUR"(欧洲人),或 "MID"(中东人),将使用相应的内置ld和wld文件。如果为空,则用户必须指定ld和wld文件的路径。
- sample_prev
列表,包含当前样本中病例的患病率,用于将观察到的遗传力转换为患病率尺度上的遗传力。默认为NA,适用于定量性状或在观察尺度上估计遗传力。
- population_prev
列表,包含该性状的人群患病率,用于将观察到的遗传力转换为患病率尺度上的遗传力。默认为NA,适用于定量性状或在观察尺度上估计遗传力。
- ld
字符串,LD分数文件的目录路径,以*.l2.ldscore.gz 结尾。默认为NA,将使用ancestry参数指定的人种的内置LD分数文件。
- wld
字符串,权重文件的目录路径。默认为NA,将使用ancestry参数指定的人种的内置权重文件。
- n_blocks
数值,用于生成块交叉验证标准误差的块数。默认为200。
- chisq_max
数值,用于将SNPs包含在LD分数回归中的Z^2的最大值。默认为80和N*0.001的最大值。