使用ldscr包计算交叉性状遗传相关性
LDSC_ldscr_rg.Rd使用ldscr包计算交叉性状遗传相关性，详细参数说明请参考函数ldscr::ldsc_rg()。输入数据必须包含样本量（samplesize）列，且该列不能缺失。
Usage
LDSC_ldscr_rg(
GWASfile = "",
ancestry,
sample_prev = NA,
population_prev = NA,
ld,
wld,
n_blocks = 200,
chisq_max = NA
)Arguments
- GWASfile
字符串向量，指定标准的TwosampleMR格式数据文件路径。
- ancestry
字符串，可选值为"AFR"（非洲人）、"AMR"（美洲人）、"CSA"（中南美洲人）、"EAS"（东亚人）、"EUR"（欧洲人）或"MID"（中东人），选择相应人种的内置LD和wld文件。如果为空，需手动指定ld和wld文件的路径。
- sample_prev
数值，当前样本中病例的患病率，用于将遗传力转换为患病率尺度。默认为NA，适用于定量性状或在观察尺度上估计遗传力。
- population_prev
数值，该性状在人群中的患病率，用于将遗传力转换为患病率尺度。默认为NA，适用于定量性状或在观察尺度上估计遗传力。
- ld
字符串，LD分数文件的目录路径，文件名应以*.l2.ldscore.gz结尾。默认为NA，使用ancestry指定的人种的内置LD分数文件。
- wld
字符串，权重文件的目录路径。默认为NA，使用ancestry指定的人种的内置权重文件。
- n_blocks
数值，生成块交叉验证标准误差的块数，默认为200。
- chisq_max
数值，SNPs包含在LD分数回归中的Z^2最大值，默认为80或N*0.001的最大值。