使用ldsc软件进行组织或细胞类型特异性分析
LDSC_py_SEG.Rd软件官网：https://github.com/bulik/ldsc/wiki/Cell-type-specific-analyses，使用前请先使用LDSC_py_install函数配置ldsc软件环境。
Usage
LDSC_py_SEG(
test_help = FALSE,
Sumstatsfile = "./BMI.sumstats.gz",
ref_ld_chr = "./1000G_EUR_Phase3_baseline/baseline.",
w_ld_chr = "./weights_hm3_no_hla/weights.",
ref_ld_chr_cts = "GTEx.ldcts",
opt_arguments = NULL,
save_name = "BMI",
save_path = "./BMI"
)Arguments
- test_help
是否调阅ldsc软件ldsc.py的帮助文档，默认FALSE。
- Sumstatsfile
.sumstats.gz格式文件路径。
- ref_ld_chr
字符串，LD分数文件路径/文件名前缀。
- w_ld_chr
字符串，用于回归权重的LD Scores的文件路径/文件名前缀。
- ref_ld_chr_cts
.ldcts文件名，注意运行此函数时，必须将工作路径与.ldcts文件路径保持一致。
- opt_arguments
ldsc软件ldsc.py的其他命令行参数(设置test_help = TRUE查看参数)，默认NULL。
- save_name
保存文件的文件名称。
- save_path
文件保存路径。