使用ldsc软件进行临床性状遗传力分析

使用ldsc软件进行临床性状的遗传力估计。更多信息可参考软件官网：https://github.com/bulik/ldsc。使用前需先使用LDSC_py_install函数配置ldsc软件环境。

Usage

LDSC_py_h2(
  test_help = FALSE,
  Sumstatsfile = " ",
  ref_ld_chr = "./eur_w_ld_chr",
  w_ld_chr = "./eur_w_ld_chr",
  opt_arguments = NULL,
  save_name = " ",
  save_path = "./"
)

Arguments

test_help

逻辑值，是否调阅ldsc软件ldsc.py的帮助文档。默认值为 FALSE。

Sumstatsfile

字符串，GWAS汇总统计文件路径，文件格式为 .sumstats.gz。

ref_ld_chr

字符串，LD分数文件目录路径，路径下应包含以 *.l2.ldscore.gz 结尾的文件。

w_ld_chr

字符串，LD权重文件的目录路径。

opt_arguments

字符串，传递给ldsc软件ldsc.py的其他命令行参数，默认为 NULL。可以通过设置 test_help = TRUE 查看可用参数。

save_name

字符串，保存文件的名称。

save_path

字符串，文件保存路径，默认为当前工作目录 ./。

Value

无返回值。