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使用ldsc软件进行分区遗传力计算

LDSC_py_ph.Rd

软件官网：https://github.com/bulik/ldsc/wiki/Partitioned-Heritability，使用前请先使用LDSC_py_install函数配置ldsc软件环境。

Usage

LDSC_py_ph(
  test_help = FALSE,
  Sumstatsfile = "./BMI.sumstats.gz",
  ref_ld_chr = "./1000G_EUR_Phase3_baseline/baseline.",
  w_ld_chr = "./weights_hm3_no_hla/weights.",
  frqfile_chr = "./1000G_Phase3_frq/1000G.EUR.QC.",
  opt_arguments = NULL,
  save_name = "BMI",
  save_path = "./BMI"
)

Arguments

test_help

是否调阅ldsc软件ldsc.py的帮助文档，默认FALSE。

Sumstatsfile

.sumstats.gz格式文件路径。

ref_ld_chr

字符串，LD分数文件路径/文件名前缀。

w_ld_chr

字符串，用于回归权重的LD Scores的文件路径/文件名前缀。

frqfile_chr

SNP的频率质控文件。

opt_arguments

ldsc软件ldsc.py的其他命令行参数(设置test_help = TRUE查看参数)，默认NULL。

save_name

保存文件的文件名称。

save_path

文件保存路径。

Value

分区遗传力计算结果。

Details

分区遗传力计算结果解读：

"Category"：注释类别（比如DHS,Coding等）,

"Prop._SNPs "：SNPs 占比,

"Prop._h2"：遗传度占比,

"Enrichment"：Enrichment,

"Enrichment_std_error"：Enrichment标准误,

"Enrichment_p"：Enrichment P值,

"Coefficient "：回归系数,

"Coefficient_std_error"：回归系数标准误,

"Coefficient_z-score"：回归系数Z值,

一般文献重点关注第三列的结果（Prop._h2）。