使用ldsc软件生成.sumstats.gz格式文件

软件官网：https://github.com/bulik/ldsc，使用前请先使用LDSC_py_install函数配置ldsc软件环境。

Usage

LDSC_py_sumstats(
  GWASfile = " ",
  GWAS_name = " ",
  N = NULL,
  MAF_min = 0.01,
  opt_arguments = NULL,
  merge_alleles = " ",
  save_path = "./"
)

Arguments

GWASfile

标准的TwosampelMR格式数据文件路径。

GWAS_name

GWAS数据的名称。

N

GWAS的样本量大小，如果TwosampelMR格式数据文件缺失样本量则需填写，默认NULL。

MAF_min

最小次要等位基因频率，默认0.01。

opt_arguments

ldsc软件munge_sumstats.py的其他命令行参数，默认NULL。

merge_alleles

带有alt、ref和rsid的snp文件的路径，用于将性状(性状)间的等位基因进行对齐，例如：w_hm3.snplist。

save_path

文件保存路径。

Value

无返回值。