使用ldsc软件生成.sumstats.gz格式文件 — LDSC_py_sumstats • QTLMR

本函数用于使用ldsc软件生成 .sumstats.gz 格式的文件。软件官网：https://github.com/bulik/ldsc，使用前请先使用 LDSC_py_install 函数配置ldsc软件环境。

Usage

LDSC_py_sumstats(
  GWASfile = " ",
  GWAS_name = " ",
  N = NULL,
  MAF_min = 0.01,
  opt_arguments = NULL,
  merge_alleles = " ",
  save_path = "./"
)

Arguments

GWASfile: 字符串，GWAS 数据文件路径，要求为 TwosampleMR 格式的文件。
GWAS_name: 字符串，GWAS 数据的名称。
N: 数值，GWAS的样本量大小。如果 TwosampleMR 格式数据文件缺失样本量（例如列为 NA），则需要提供该参数。默认值为 NULL。
MAF_min: 数值，最小次要等位基因频率，默认值为 0.01。
opt_arguments: 字符串或列表，ldsc软件 munge_sumstats.py 的其他命令行参数，默认值为 NULL。
merge_alleles: 字符串，带有 alt、ref 和 rsid 的 SNP 文件路径，用于对齐不同性状间的等位基因。例如：w_hm3.snplist。
save_path: 字符串，文件保存路径，默认值为当前工作目录 "./"。

Value

无返回值。