使用MAGMA软件进行gene-based & gene-set-based关联分析

软件官网：https://cncr.nl/research/magma/。

Usage

MAGMA_gene_based(
  GWAS_file = "./ULCER_METAL_FinnGen.txt",
  bfile_1000G = "./g1000_eur/g1000_eur",
  gene_loc = "ENSGv110.coding.genes.txt",
  set_annot = "MSigDB_20231Hs_MAGMA.txt",
  SNP_P_col = c(3, 10),
  samplesize_col = "N",
  save_name = "UC",
  save_path = "./UC"
)

Arguments

GWAS_file

GWAS的文件路径。

bfile_1000G

1000G基因型数据文件路径，MAGMA软件官网可下载文件。

gene_loc

基因的位置信息文件路径，MAGMA软件官网可下载文件。

set_annot

基因集文件路径，下载地址：https://fuma.ctglab.nl/downloadPage。

SNP_P_col

GWAS数据中SNP和P值所在列位置，向量格式如：c(3,10)。

samplesize_col

GWAS数据中样本量的列名，或直接赋值样本量数量。

save_name

保存结果的文件名。

save_path

保存结果的文件路径。

Value

data 分析结果数据。