使用MAGMA软件进行gene-based & gene-set-based关联分析 — MAGMA_gene_based • QTLMR

本函数用于使用MAGMA软件进行基因和基因集的关联分析。软件官网：https://cncr.nl/research/magma/。

Usage

MAGMA_gene_based(
  GWAS_file = "./ULCER_METAL_FinnGen.txt",
  bfile_1000G = "./g1000_eur/g1000_eur",
  gene_loc = "ENSGv110.coding.genes.txt",
  set_annot = "MSigDB_20231Hs_MAGMA.txt",
  SNP_P_col = c(3, 10),
  samplesize_col = "N",
  save_name = "UC",
  save_path = "./UC"
)

Arguments

GWAS_file: 字符串，GWAS的文件路径。
bfile_1000G: 字符串，1000G基因型数据文件路径，MAGMA软件官网可下载文件。
gene_loc: 字符串，基因的位置信息文件路径，MAGMA软件官网可下载文件。
set_annot: 字符串，基因集文件路径，下载地址：https://fuma.ctglab.nl/downloadPage。
SNP_P_col: 向量，GWAS数据中SNP和P值所在列的位置，例如：c(3,10)。
samplesize_col: 字符串或数值，GWAS数据中样本量的列名，或直接提供样本量数量。
save_name: 字符串，保存结果的文件名。
save_path: 字符串，保存结果的文件路径。

Value

data 数据，分析结果数据。