gene_based分析结果的基因注释及曼哈顿图绘制

gene_based分析结果的基因注释及曼哈顿图绘制

Usage

MAGMA_genes_Manhattanplot(
  genes_out = "./UC.genes.out.txt",
  gene_loc = "./ENSGv110.coding.genes.txt",
  Del_CHR_X = TRUE,
  Manhtn_plot = TRUE,
  threshold_sig = "bonferroni",
  Manhtn_gene_sig = 10,
  signal_cex = 1,
  width = 9,
  height = 7,
  save_name = "MAGMA_gsa"
)

Arguments

genes_out

字符串，MAGMA_gene_based()函数生成的XXX.genes.out.txt文件路径。

gene_loc

字符串，基因的位置信息文件路径，MAGMA软件官网可下载文件。

Del_CHR_X

布尔值，TRUE或FALSE，是否剔除X染色体上的数据。

Manhtn_plot

布尔值，TRUE或FALSE，是否绘制曼哈顿图。

threshold_sig

字符串，曼哈顿图的显著性阈值的虚线所在Y轴的位置，可为"fdr"或"bonferroni"矫正的阈值。

Manhtn_gene_sig

数值，显著基因标记标签的数量。

signal_cex

数值，显著基因在曼哈顿图中圆点的大小。

width

数值，图形宽度。

height

数值，图形高度。

save_name

字符串，保存的pdf图形文件名，默认值为"gsa_plot"。

Value

数据框，基因注释及多重矫正后的结果。