对MAGMA软件gene_based分析结果的基因注释及曼哈顿图绘制
MAGMA_genes_Manhattanplot.Rd对MAGMA软件gene_based分析结果的基因注释及曼哈顿图绘制
Usage
MAGMA_genes_Manhattanplot(
genes_out = "./UC.genes.out.txt",
gene_loc = "./ENSGv110.coding.genes.txt",
Del_CHR_X = TRUE,
Manhtn_plot = TRUE,
threshold_sig = "bonferroni",
Manhtn_gene_sig = 10,
signal_cex = 1,
width = 9,
height = 7,
save_name = "MAGMA_gsa"
)Arguments
- genes_out
MAGMA_gene_based()函数生成的XXX.genes.out.txt文件路径。
- gene_loc
基因的位置信息文件路径，MAGMA软件官网可下载文件。
- Del_CHR_X
逻辑值，TRUE或FALSE，是否剔除X染色上的数据。
- Manhtn_plot
逻辑值，TRUE或FALSE，是否绘制曼哈顿图。
- threshold_sig
曼哈顿图的显著性阈值的虚线所在Y轴的位置，"fdr"或"bonferroni"矫正的阈值。
- Manhtn_gene_sig
数值，显著基因标记标签的数量。
- signal_cex
数值，显著基因在图形中圆点的大小。
- width
图形宽度。
- height
图形高度。
- save_name
保存的pdf图形文件名，默认"gsa_plot"。