绘制MAGMA分析结果柱状图
MAGMA_gsa_barplot.Rd用于组织特异性和通路富集分析结果的图形可视化。
Usage
MAGMA_gsa_barplot(
gsa_out = " ",
showNum = 60,
X_text_size = 7,
X_text_angle = 70,
Y_text_size = 10,
fdr = TRUE,
save_plot = TRUE,
pdf_name = "gsa_plot",
width = 9,
height = 7,
save_path = "./"
)Arguments
- gsa_out
字符串，MAGMA_gene_based()或MAGMA_Tissue_specific()函数生成的XXX.gsa.out.txt文件路径。
- showNum
整数，绘制最显著的柱状数量。
- X_text_size
数值，X轴字体大小。
- X_text_angle
数值，X轴字体角度。
- Y_text_size
数值，Y轴字体大小。
- fdr
布尔值，TRUE或FALSE，是否进行fdr矫正绘图，默认为TRUE。
- save_plot
布尔值，TRUE或FALSE，是否保存柱状图，默认为TRUE。
- pdf_name
字符串，保存的pdf图形文件名，默认值为"gsa_plot"。
- width
数值，图形宽度。
- height
数值，图形高度。
- save_path
字符串，图形文件保存路径，默认值为"./"。