使用METAL软件对GWAS进行meta分析
METAL_gwas.Rd使用METAL软件对全基因组关联研究(GWAS)数据进行META分析，电脑内存小容易运行崩溃，软件地址：https://github.com/explodecomputer/random-metal。
Usage
METAL_gwas(
GWASfile = c("./dat1.txt", "./dat1.txt"),
SEPARATOR = "TAB",
snp_col = "SNP",
effect_allele_col = "effect_allele",
other_allele_col = "other_allele",
beta_col = "beta",
se_col = "se",
pval_col = "pval",
eaf_col = "eaf",
samplesize_col = "N",
chr_col = NULL,
pos_col = NULL,
analysis_method = "SE",
IVW_mode = "Multiplicative",
Genomic_Control_Correction = TRUE,
Average_FREQ = TRUE,
Heterogeneity = TRUE,
Sample_Overlap_Correction = TRUE,
OVERLAP_ZCUTOFF = 1,
Filter_MAF = NULL,
Filter_N = NULL,
Filter_SNPs = NULL,
save_path = "./",
save_name = "METAANALYSIS"
)Arguments
- GWASfile
向量，包含两个或多个GWAS数据文件的路径，如c("./dat1.txt", "./dat1.txt")。
- SEPARATOR
指定数据文件中列之间的分隔符，默认为"TAB"。
- snp_col
必填，SNP列的名称。
- effect_allele_col
必填，效应等位基因列的名称。
- other_allele_col
必填，次要等位基因列的名称。
- beta_col
必填，β值列的名称。
- se_col
必填，标准误差列的名称。
- pval_col
必填，P值列的名称。
- eaf_col
非必填，效应等位基因频率列的名称；若缺失eaf值，请将设置Average_FREQ = FALSE。
- samplesize_col
必填，样本量列的名称。
- chr_col
染色体列的名称，默认为NULL，输入数据为GRCH38(hg38)或GRCH37(hg19)相同版本时填写，否则合并错误。
- pos_col
坐标列的名称，默认为NULL，输入数据为GRCH38(hg38)或GRCH37(hg19)相同版本时填写，否则合并错误。
- analysis_method
"SE"或"samplesize"，SE表示逆方差加权法-IVW，samplesize表示基于样本量加权。
- IVW_mode
逆方差加权法-IVW分析模式，默认随机效应模型 "Multiplicative"，固定效应模型填 "Fixed"。
- Genomic_Control_Correction
逻辑值，是否进行基因组控制校正，默认为TRUE。
- Average_FREQ
TRUE或FALSE，是否计算平均频率，默认为TRUE。
- Heterogeneity
TRUE或FALSE，是否进行异质性分析，默认为TRUE。
- Sample_Overlap_Correction
TRUE或FALSE，是否进行样本重叠校正，默认为TRUE。
- OVERLAP_ZCUTOFF
数值，样本重叠校正的Z截断值，默认为1。
- Filter_MAF
数值，次要等位基因频率过滤值，默认为NULL。
- Filter_N
数值，样本大小过滤值，默认为NULL。
- Filter_SNPs
字符向量，需要过滤的SNP，默认为NULL。
- save_path
分析结果保存路径，默认为"./META_GWAS"。
- save_name
分析结果文件名，默认为"METAANALYSIS"。