计算MR_JTI结果的beta值及95% CI
MR_JTI_Beta.Rd软件官网：https://github.com/gamazonlab/MR-JTI?tab=readme-ov-file。
Usage
MR_JTI_Beta(
GWASfile = "./EC/EC_TwosampleMR_Catalog.txt",
Gene_name = "CYP19A1",
tissues_V8 = "Adipose - Subcutaneous",
bfile_1000G = "./1000G.EUR.QC",
cis_wind_kb = 1000,
clump_r2 = 0.01,
build = 38,
n_genes = 4,
opt_arguments = NULL,
save_path = "./"
)Arguments
- GWASfile
标准的TwosampelMR结局格式数据文件路径。
- Gene_name
要分析的基因名称。
- tissues_V8
eqtl数据来源GTEx_V8的组织类型，默认是全血"Adipose - Subcutaneous"，可通过data_info_GTEx_V8_samplesize()查找。
- bfile_1000G
1000G基因型数据文件路径。
- cis_wind_kb
指定顺式eQTL的上下游范围，默认1000kb，即1MB。
- clump_r2
对eQTL进行clump的r2值大小，默认0.01。
- build
37或38，人类参考基因组版本，默认38。
- n_genes
多重检验的基因总数(Bonferroni校正)，即单个组织阳性结果的基因数量。n_genes = 1表示用户只需要名义显著性水平(即P<0.05将被视为显著)。
- opt_arguments
其他命令行参数(可通过官网查看，如–n_folds，–n_bootstrap等)，默认NULL。。
- save_path
结果文件保存路径。