计算MR_JTI结果的beta值及95% CI
MR_JTI_Beta.Rd软件官网：https://github.com/gamazonlab/MR-JTI?tab=readme-ov-file
Usage
MR_JTI_Beta(
GWASfile = "./EC/EC_TwosampleMR_Catalog.txt",
Gene_name = "CYP19A1",
tissues_V8 = "Adipose - Subcutaneous",
bfile_1000G = "./1000G.EUR.QC",
cis_wind_kb = 1000,
clump_r2 = 0.01,
build = 38,
n_genes = 4,
opt_arguments = NULL,
save_path = "./"
)Arguments
- GWASfile
字符串，GWAS数据文件路径，要求为
TwoSampleMR格式的文件。- Gene_name
字符串，要分析的基因名称。
- tissues_V8
字符串，eQTL数据来源GTEx_V8的组织类型，默认"Adipose - Subcutaneous"。可通过
data_info_GTEx_V8_samplesize()查找。- bfile_1000G
字符串，1000G基因型数据文件路径。
- cis_wind_kb
数值，顺式eQTL的上下游范围，单位为kb，默认值为1000kb（即1MB）。
- clump_r2
数值，eQTL进行clumping时使用的r2值，默认值为0.01。
- build
数值，人类参考基因组版本，支持37或38，默认使用38。
- n_genes
数值，用于多重检验的基因数量（Bonferroni校正），即单个组织阳性结果的基因数量。
n_genes = 1表示仅使用名义显著性水平（P<0.05视为显著）。- opt_arguments
列表或字符串，其他命令行参数（如
--n_folds，--n_bootstrap等），默认值为NULL。- save_path
字符串，结果文件保存路径，默认为当前工作目录
"./"。