对 GWAS 结果的基因型插补（Imputation）以适配 MetaXcan 分析
MetaXcan_imputation.Rd该函数用于对 GWAS 结果进行基因型插补，以提高 GWAS 数据的完整性和分析精度，并适配 MetaXcan 工具进行后续基因表达预测分析， 详见：https://github.com/hakyimlab/MetaXcan/wiki/Tutorial:-GTEx-v8-MASH-models-integration-with-a-Coronary-Artery-Disease-GWAS
Usage
MetaXcan_imputation(
gwas_file = "./bmi_MTAG.txt.gz",
by_region_file = "./data/eur_ld.bed.gz",
parquet_genotype = "./data/reference_panel_1000G",
window = 1e+05,
parsimony = 7,
start_chr = 1,
end_chr = 22,
regularization = 0.1,
frequency_filter = 0.01,
sub_batches = 10,
cores = 1,
imputation_postproces = TRUE,
save_name = "bmi_MTAG",
save_path = "./imputation"
)Arguments
- gwas_file
字符串，MetaXcan_Harmonization()结果文件的路径（默认 "./XXX_MTAG.txt.gz"）。
- by_region_file
字符串，按区域划分的坐标转换文件路径（默认 "./sample_data/data/eur_ld.bed.gz"）。
- parquet_genotype
字符串，基因型数据的 Parquet 格式文件所在目录（默认 "./sample_data/data/reference_panel_1000G")。
- window
数值，插补时使用的窗口大小（碱基对单位，默认 100000）。
- parsimony
数值，MetaXcan 插补算法的简约度参数，影响插补计算的详细程度（默认 7）。
- start_chr
数值，起始染色体编号（默认 1）。
- end_chr
数值，终止染色体编号（默认 22）。
- regularization
数值，插补模型的正则化参数（默认 0.1）。
- frequency_filter
数值，SNP 频率过滤阈值，低于该值的 SNP 将被过滤（默认 0.01）。
- sub_batches
数值，将 GWAS 结果分为多少个子批次进行插补计算（默认 10）。
- cores
数值，运行时使用的 CPU 核心数（自用电脑建议默认 1，表示单线程计算；服务器建议 >1 时采用并行计算）。
- imputation_postproces
逻辑值，是否进行插补后合并处理（默认 TRUE）。
- save_name
字符串，输出文件的基础名称（默认 "bmi_MTAG"）。
- save_path
字符串，输出文件的存储路径（默认 "./imputation"）。如果路径不存在，则会自动创建。