MiXeR双变量跨性状分析可视化

此函数使用MiXeR算法对双变量跨性状分析结果进行可视化。具体展示两个性状的联合模型拟合结果。

Usage

MiXeR_Bivariate_visualize(
  help = FALSE,
  json_fit = "./VS/SSGAC_EDU_2018_no23andMe_noMHC_vs_SCZ_qc_noMHC.fit.rep@.json",
  json_test = "./VS/SSGAC_EDU_2018_no23andMe_noMHC_vs_SCZ_qc_noMHC.test.rep@.json",
  mixer_py = "~/gsa-mixer/precimed/mixer_figures.py",
  statistic = "mean std",
  trait1_name = "EDU",
  trait2_name = "SCZ",
  trait1_color = 0,
  trait2_color = 1,
  flip = FALSE,
  opt_arguments_fit = NULL,
  opt_arguments_test = NULL,
  opt_arguments_two = NULL,
  save_name = "VS",
  save_path = "./combined"
)

Arguments

help

逻辑值，若为TRUE则显示帮助信息，默认FALSE。

json_fit

字符型，包含拟合分析结果的JSON文件路径。

json_test

字符型，包含测试分析结果的JSON文件路径。

mixer_py

字符型，MiXeR的Python脚本路径，用于可视化（如"~/mixer/precimed/mixer_figures.py"）。

statistic

字符型，指定可视化时的统计方法，默认设置为"mean std"。

trait1_name

字符型，性状1的名称。

trait2_name

字符型，性状2的名称。

trait1_color

数值型，韦恩图中性状1的颜色，可选择0~8。

trait2_color

数值型，韦恩图中性状2的颜色，可选择0~8。

flip

逻辑值，是否翻转图片，默认FALSE。

opt_arguments_fit

字符型，可选参数，用于传递给mixer_figures.py combinefit分析的额外参数，默认为NULL。

opt_arguments_test

字符型，可选参数，用于传递给mixer_figures.py combinetest分析的额外参数，默认为NULL。

opt_arguments_two

字符型，可选参数，用于传递给mixer_figures.py two分析的额外参数，默认为NULL。

save_name

字符型，保存可视化结果的文件名，默认为"Bivariate_visualize"。

save_path

字符型，结果保存路径，默认为"./combined"。

Value

返回分析结果数据。