MiXeR单变量分析
MiXeR_Univariate.Rd使用MiXeR工具对给定的GWAS数据进行单变量分析。官网：https://github.com/precimed/mixer。 MiXeR软件对CPU要求很高，最低内存要求是可用RAM至少为32 GB。MiXeR能够高效地利用多核CPU，因此建议在至少具有16个物理核心的系统上运行MiXeR。
Usage
MiXeR_Univariate(
help = FALSE,
GWASfile = "./SSGAC_EDU_2018_no23andMe_noMHC.csv.gz",
bfile = "~/1000g",
mixer_py = "./mixer/precimed/mixer.py",
lib = "./mixer/src/build/lib/libbgmg.so",
stars_rep = 1,
end_rep = 20,
fit1 = TRUE,
opt_arguments_fit = NULL,
opt_arguments_test = NULL,
save_path = "./SSGAC_EDU",
cores = 8
)Arguments
- help
逻辑值，若为TRUE则显示帮助信息，默认FALSE。
- GWASfile
字符型，包含GWAS数据的文件路径，默认值为"./SSGAC_EDU_2018_no23andMe_noMHC.csv.gz"。
- bfile
字符型，参考数据的文件目录路径，数据下载地址：https://github.com/comorment/mixer/tree/main/reference/ldsc/1000G_EUR_Phase3_plink。
- mixer_py
字符型，MiXeR Python可执行文件的路径，例如
"~/mixer/precimed/mixer.py"。- lib
字符型，库文件
libbgmg.so的路径，例如"~/mixer/src/build/lib/libbgmg.so"。libbgmg.so文件需要预先编译软件获得。- stars_rep
数值型，开始迭代的重复次数，默认为1，取值范围为1到20。
- end_rep
数值型，结束迭代的重复次数，默认为20，取值范围为1到20。
- fit1
逻辑值，是否对每个重复项进行模型拟合；设为
TRUE启用。设为FALSE表示，仅执行test，对指定的性状文件进行验证。- opt_arguments_fit
字符型，拟合步骤的附加可选参数，例如DiffEvo算法只循环1次（默认循环20次）
'--diffevo-fast-repeats 1'。- opt_arguments_test
字符型，测试步骤的附加可选参数，默认为
NULL。- save_path
字符型，保存结果的路径，默认值为"./SSGAC_EDU"。
- cores
数值型，指定线程数以加速计算，默认为8。