MiXeR分析输入数据格式转换 — MiXeR_format

该函数用于将GWAS数据文件格式转换为适用于MiXeR的输入格式，执行基本质控，并在需要时计算有效样本量。

Usage

MiXeR_format_dat(
  GWASfile = "./ieu-a-30_MTAG_IEU.txt",
  ncase = 5956,
  ncontrol = 14927,
  opt_arguments_csv = NULL,
  opt_arguments_qc = NULL,
  exclude_ranges = "6:26000000-34000000",
  save_name = "CD",
  save_path = "./CD_dat"
)

Arguments

GWASfile: 字符型，MTAG格式数据文件路径，可由format_dat()函数转换获得。
ncase: 数值型，病例数，二分类GWAS数据需填写，用于公式:neff = 4 / (1/ncase + 1/ncontrol)计算有效样本量。连续性类GWAS数据，则填写NULL。
ncontrol: 数值型，对照组数量，二分类GWAS数据需填写，用于公式:neff = 4 / (1/ncase + 1/ncontrol)计算有效样本量。连续性类GWAS数据，则填写NULL。
opt_arguments_csv: 字符型，可选参数，用于传递sumstats.py csv参数，默认为NULL。
opt_arguments_qc: 字符型，可选参数，用于传递sumstats.py qc额外参数，默认为NULL。
exclude_ranges: 字符型，需排除的染色体范围，默认是"6:26000000-34000000"，即排除MHC区域。
save_name: 字符型，保存的文件名。
save_path: 字符型，转换后文件保存路径。

Value

返回格式化和质控后的文件，适用于MiXeR分析。