MiXeR分析
MiXeR_run.Rd该函数用于运行MiXeR分析，包括单变量和双变量模型的拟合与可视化。通过给定的GWAS文件进行分析，保存结果并生成相应的图形。
Usage
MiXeR_run(
GWASfile = c("./SSGAC_EDU_2018_no23andMe_noMHC.csv.gz", "./SCZ_qc_noMHC.csv.gz"),
GWASname = c("EDU", "SCZ"),
bfile = "./1000g",
mixer_py = "./mixer/precimed/mixer.py",
mixer_figures_py = "./mixer/precimed/mixer_figures.py",
lib = "./mixer/src/build/lib/libbgmg.so",
statistic = "mean std",
fit1_diffevo_fast_repeats = 20,
fit2_diffevo_fast_repeats = 1,
save_path = "./MiXeR",
cores = 85
)Arguments
- GWASfile
一个字符串向量，包含需要分析的GWAS文件路径，由MiXeR_format_dat()函数转换获得。例如c("./SSGAC_EDU_2018_no23andMe_noMHC.csv.gz","./SCZ_qc_noMHC.csv.gz")。
- GWASname
一个字符串向量，表示与每个GWAS文件相对应的名称，用于结果保存和可视化的标识。
- bfile
字符型，参考数据的文件目录路径，数据下载地址：https://github.com/comorment/mixer/tree/main/reference/ldsc/1000G_EUR_Phase3_plink。
- mixer_py
MiXeR Python脚本的路径，用于执行MiXeR分析。
- mixer_figures_py
MiXeR Python脚本的路径，用于生成分析结果的图形。
- lib
字符型，库文件 libbgmg.so 的路径，例如 "~/mixer/src/build/lib/libbgmg.so"。libbgmg.so文件需要预先编译软件获得。
- statistic
用于可视化的统计类型，支持的统计值有"mean"和"std"。
- fit1_diffevo_fast_repeats
单变量分析中，Diffevo快速拟合的重复次数。
- fit2_diffevo_fast_repeats
双变量分析中，Diffevo快速拟合的重复次数。
- save_path
结果保存的文件夹路径。如果文件夹不存在，则自动创建。
- cores
用于并行计算的核心数。