使用PLACO进行复合零假设下的多效性分析
PLACO_analysis.Rd软件官网：https://github.com/RayDebashree/PLACO。 输入数据必须包含以SNP, CHR, BP, effect_allele, other_allele、pval、Z为列名数据内容。
Usage
PLACO_analysis(
GWASfile = c("./dat1.txt", "./dat1.txt"),
p_threshold = 5e-08,
filer_Zscores = TRUE,
FDR_method = "fdr",
decor = FALSE,
save_path = "./",
cores = 4
)Arguments
- GWASfile
包含两个或多个GWAS数据文件的路径，如c("./dat1.txt", "./dat1.txt")，建议使用format_dat()转换的MTAG格式数据。
- p_threshold
SNP的显著性阈值，默认为5e-8。
- filer_Zscores
是否剔除Z分数的平方大于80的SNP。默认TRUE，因为极大的效应量可以影响PLACO显示伪信号。
- FDR_method
对结果进行多重检验矫正的方法。"bonferroni"或"fdr"（则矫正筛选qvalue<0.05），或数值（如5e-8，则不矫正筛选p.placo<5e-8）。
- decor
是否取消Z分数的关联，默认FALSE。如果性状是相互依赖或相互关联，建议TRUE。
- save_path
文件保存路径。
- cores
并行运算电脑的线程数。