使用MAGMA软件生成MAGMA分数

软件官网：https://cncr.nl/research/magma/。

Usage

PoPS_MAGMA(
  GWAS_file = "./ULCER_METAL_FinnGen.txt",
  bfile = "G:/data/1000G.EUR",
  gene_annot = "G:/data/magma_0kb.genes.annot",
  SNP_P_col = c(3, 10),
  samplesize_col = "N",
  save_name = "UC",
  save_path = "./UC"
)

Arguments

GWAS_file

GWAS的文件路径。

bfile

生成MAGMA分数所需的1000G基因型数据文件路径，下载地址：https://www.dropbox.com/sh/o6t5jprvxb8b500/AABDwtPv9s5Do97oPpnUNueia?dl=0。

gene_annot

生成MAGMA分数所需的基因的注释文件路径，下载地址：https://www.dropbox.com/sh/o6t5jprvxb8b500/AABDwtPv9s5Do97oPpnUNueia?dl=0。

SNP_P_col

GWAS数据中SNP和P值所在列位置，向量格式如：c(3,10)。

samplesize_col

GWAS数据中样本量的列名，或直接赋值样本量数量。

save_name

保存结果的文件名。

save_path

保存结果的文件路径。

Value

data 分析结果数据。