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使用MAGMA软件生成MAGMA分数

PoPS_MAGMA.Rd

使用MAGMA软件计算基于GWAS数据、基因型数据和基因注释的MAGMA分数。 软件官网：MAGMA官网。

Usage

PoPS_MAGMA(
  GWAS_file = "./ULCER_METAL_FinnGen.txt",
  bfile = "G:/data/1000G.EUR",
  gene_annot = "G:/data/magma_0kb.genes.annot",
  SNP_P_col = c(3, 10),
  samplesize_col = "N",
  save_name = "UC",
  save_path = "./UC"
)

Arguments

GWAS_file

字符串，GWAS数据文件路径，要求为 TwosampleMR 格式的文件。

bfile

字符串，1000G基因型数据文件路径，要求为PLINK格式（.bed、.bim、.fam）。 下载地址：https://www.dropbox.com/sh/o6t5jprvxb8b500/AABDwtPv9s5Do97oPpnUNueia?dl=0。

gene_annot

字符串，基因注释文件路径，要求为MAGMA注释文件格式。 下载地址：https://www.dropbox.com/sh/o6t5jprvxb8b500/AABDwtPv9s5Do97oPpnUNueia?dl=0。

SNP_P_col

整数向量，GWAS数据中SNP ID和P值所在列的位置。格式如：c(3, 10)，表示第3列为SNP ID，第10列为P值。

samplesize_col

字符串或数字，GWAS数据中样本量所在列的列名，或者直接提供样本量（若GWAS数据中该列缺失）。

save_name

字符串，保存结果的文件名。

save_path

字符串，保存结果的文件路径。

Value

data 返回包含MAGMA分数的分析结果数据。