绘制SMR locus与Effect Plot图
SMR_Locus_Effect_Plot.Rd绘制SMR locus与Effect Plot图
Usage
SMR_Locus_Effect_Plot(
GWAS_file = " ",
GWAS_name = " ",
xQTL_file = " ",
bfile_1000G = "./1.data/1000G/EUR",
gene_list = " ",
probe = " ",
probe_wind = 500,
save_path = "./",
diff_freq = 0.2,
diff_freq_prop = 0.05,
MAF = 0.01,
cis_wind = 2000,
pval = 5e-08,
smr_multi = TRUE,
smr_multi_set_wind = NULL,
smr_multi_ld_snp = 0.1,
heidi_mtd = 1,
HEIDI_test_pval = 0.00157,
ld_upper = 0.9,
ld_lower = 0.05,
nSNPs_min = 3,
nSNPs_max = 20,
thread_num = 4,
SMR_Locus_Plot = TRUE,
SMR_Effect_Plot = TRUE,
probeNEARBY = NULL,
smr_thresh = 0.05,
heidi_thresh = 0.05,
pointsize = 20,
max_anno_probe = 8,
anno_selfdef = TRUE
)Arguments
- GWAS_file
smr分析中的gwas文件，需要提前准备好。
- GWAS_name
GWAS的名称。
- xQTL_file
smr分析的二进制数据文件。
- bfile_1000G
千人基因组参考面板数据文件的前缀路径（如：
./1.data/1000G/EUR）。- gene_list
用于绘图的基因注释文件路径。
- probe
指定probeID，具体见.smr文件的probeID列。
- probe_wind
定义以指定探针为中心的窗口范围，默认为500kb。
- save_path
SMR作图数据输出文件的路径。
- diff_freq
对等位基因频率进行质量控制，如果SNP的效应等位基因频率差异在两两配对的数据集中（包括the LD reference sample, the eQTL summary data and the GWAS summary data）的超过指定的差异阈值，将排除该SNP。默认为0.2。
- diff_freq_prop
SMR分析中，允许具有等位基因频率差异的的SNP的最大比例。如果由diff_freq排除的SNP比率大于diff_freq_prop指定的阈值，SMR分析将停止（提示错误信息）。默认值为0.05。
- MAF
根据参考样本中的次要等位基因频率（MAF）阈值去除SNP，默认值为0.01。maf的取值范围在0-0.5。
- cis_wind
SMR分析中，定义一个以探针为中心的染色体范围，以选择cis-eQTL（通过p值阈值）进行SMR分析。默认值为2000Kb。
- pval
筛选用于SMR分析的top显著相关QTL（如eQTL）的p值，默认为5.0e-8。
- smr_multi
是否进行基于多个SNP的smr分析，默认为TRUE，反之则使用top snp进行SMR分析。
- smr_multi_set_wind
选定基于多个snp进行SMR分析的基因区域，定义最显著cis-QTL为中心的染色体区域。 默认是选择smr_cis_wind内所有的snp进行SMR分析，默认为NULL。反之，可进行自己指定，如500kb，写作500。
- smr_multi_ld_snp
除纳入SMR分析的QTLs（如eQTL）中存在连锁不平衡的QTLs，默认值是0.1。
- heidi_mtd
HEIDI检验中，指定一个方法进行HEIDI检验。0是最初的原始HEIDI检验，由Zhu et al (2016 Nature Genetics)提出；1是新的HEIDI检验，模拟结果表明，使用cis-eQTL区域中排名前20位的SNP（按照p值进行排序）进行异质性测试，HEIDI测试的功效最初增加，但随着SNP数量（m）的增加而降低，峰值在m = ~20。默认值为1。
- HEIDI_test_pval
HEIDI检验中，筛选用于HEIDI检验的QTL的p值，默认p值为1.57e-3，相当于卡方值（df=1）10。
- ld_upper
HEIDI检验中，用于排除与top SNP存在显著连锁不平衡的QTL(如eQTL),默认值是0.9。
- ld_lower
HEIDI检验中，用于排除与top SNP不存在连锁不平衡或者微弱连锁不平衡的QTL(如eQTL),默认值是0.05。
- nSNPs_min
HEIDI检验中，使用顺式snp数量的最小数量，小于该阈值将不进行HEIDI检验。因为如果SNP的数量太少，HEIDI测试检测异质性的能力很小，并可能产生误导性的结果。默认值为3。
- nSNPs_max
HEIDI检验中，使用顺式snp数量的最大数量，如果经过LD筛选后的cis-SNP的数量大于m，则仅使用前m个SNP进行HEIDI检验（按照QTL的p值进行排序），默认值为20。
- thread_num
指定用于并行计算的线程数。默认值为4。
- SMR_Locus_Plot
是否绘制绘制SMR locus图。
- SMR_Effect_Plot
是否绘制绘制Effect Plot图。
- probeNEARBY
eQTLs层，可指定感兴趣的探针id以绘制对应的QTLs数据。
- smr_thresh
SMR测试的全基因组显著性水平阈值，默认为0.05，一般对p_SMR进行FDR矫正0.05/n,
- heidi_thresh
HEIDI测试的阈值，默认值为0.05。
- pointsize
纵坐标对应标题字体的大小，默认为20。
- max_anno_probe
locus图中显示的探针最大数目，默认值为8。
- anno_selfdef
是否使用使用第三部分的库来排列探针名称,默认为TRUE。