绘制SMR locus与Effect Plot图
SMR_Locus_Effect_Plot.Rd绘制SMR locus与Effect Plot图
Usage
SMR_Locus_Effect_Plot(
GWAS_file = " ",
GWAS_name = " ",
xQTL_file = " ",
bfile_1000G = "./1.data/1000G/EUR",
gene_list = " ",
probe = " ",
probe_wind = 500,
save_path = "./",
diff_freq = 0.2,
diff_freq_prop = 0.05,
MAF = 0.01,
cis_wind = 2000,
pval = 5e-08,
smr_multi = TRUE,
smr_multi_set_wind = NULL,
smr_multi_ld_snp = 0.1,
heidi_mtd = 1,
HEIDI_test_pval = 0.00157,
ld_upper = 0.9,
ld_lower = 0.05,
nSNPs_min = 3,
nSNPs_max = 20,
thread_num = 4,
SMR_Locus_Plot = TRUE,
SMR_Effect_Plot = TRUE,
probeNEARBY = NULL,
smr_thresh = 0.05,
heidi_thresh = 0.05,
pointsize = 20,
max_anno_probe = 8,
anno_selfdef = TRUE
)Arguments
- GWAS_file
字符串，SMR分析中的GWAS文件路径，需要提前准备好。
- GWAS_name
字符串，GWAS数据集的名称。
- xQTL_file
字符串，SMR分析的二进制数据文件路径。
- bfile_1000G
字符串，千人基因组参考面板数据文件的前缀路径（如：
./1.data/1000G/EUR）。- gene_list
字符串，基因注释文件的路径，用于绘图。
- probe
字符串，指定probeID，具体见.smr文件中的probeID列。
- probe_wind
数值，定义以指定探针为中心的窗口范围，默认为500kb。
- save_path
字符串，SMR作图数据输出文件的路径。
- diff_freq
数值，对等位基因频率进行质量控制，默认值为0.2。表示SNP的效应等位基因频率差异超过该值会被排除。
- diff_freq_prop
数值，SMR分析中，允许具有等位基因频率差异的SNP的最大比例。默认值为0.05。
- MAF
数值，根据参考样本中的次要等位基因频率（MAF）阈值去除SNP，默认为0.01。取值范围在0-0.5。
- cis_wind
数值，SMR分析中定义的以探针为中心的染色体范围，选择cis-eQTL进行分析，默认为2000Kb。
- pval
数值，筛选用于SMR分析的显著QTL的p值，默认为5.0e-8。
- smr_multi
逻辑值，是否进行基于多个SNP的SMR分析，默认为TRUE，反之则使用top SNP进行分析。
- smr_multi_set_wind
数值或NULL，选定基于多个SNP进行SMR分析的基因区域，定义最显著cis-QTL为中心的染色体区域，默认为NULL。
- smr_multi_ld_snp
数值，连锁不平衡的QTL阈值，默认值为0.1。
- heidi_mtd
数值，HEIDI检验方法选择。0为原始HEIDI检验，1为新的HEIDI检验，默认值为1。
- HEIDI_test_pval
数值，HEIDI检验的QTL的p值筛选，默认值为1.57e-3。
- ld_upper
数值，HEIDI检验中用于排除与top SNP存在显著连锁不平衡的QTL的阈值，默认值为0.9。
- ld_lower
数值，HEIDI检验中用于排除与top SNP不存在或微弱连锁不平衡的QTL的阈值，默认值为0.05。
- nSNPs_min
数值，HEIDI检验中使用顺式SNP的最小数量，默认值为3。
- nSNPs_max
数值，HEIDI检验中使用顺式SNP的最大数量，默认值为20。
- thread_num
数值，指定用于并行计算的线程数，默认值为4。
- SMR_Locus_Plot
逻辑值，是否绘制SMR locus图，默认为TRUE。
- SMR_Effect_Plot
逻辑值，是否绘制Effect Plot图，默认为TRUE。
- probeNEARBY
字符串或NULL，eQTLs层，指定感兴趣的探针ID以绘制对应的QTL数据。
- smr_thresh
数值，SMR测试的全基因组显著性水平阈值，默认为0.05。
- heidi_thresh
数值，HEIDI测试的阈值，默认为0.05。
- pointsize
数值，纵坐标对应标题字体的大小，默认为20。
- max_anno_probe
数值，locus图中显示的探针最大数目，默认为8。
- anno_selfdef
逻辑值，是否使用第三方库来排列探针名称，默认为TRUE。