使用GTEX v8 MAHR 预测模型进行S-PrediXcan分析
SPrediXcan.Rd详见：https://github.com/hakyimlab/MetaXcan/wiki/Tutorial:-GTEx-v8-MASH-models-integration-with-a-Coronary-Artery-Disease-GWAS
Usage
SPrediXcan(
test_help = FALSE,
GTEX_tissue = "all",
model_db_path = "./data/models/eqtl/mashr",
covariance = "./data/models/eqtl/mashr",
gwas_file = "./imputation/imputed_bmi_MTAG.txt.gz",
snp_col = "panel_variant_id",
effect_allele_col = "effect_allele",
other_allele_col = "non_effect_allele",
zscore_col = "zscore",
opt_arguments = NULL,
cores = 1,
save_name = "bmi_MTAG",
save_path = "./spredixcan"
)Arguments
- test_help
逻辑值，是否调阅SPrediXcan.py的帮助文档，默认FALSE。
- GTEX_tissue
字符串，GTEx v8组织类型，默认"all"，即对所有组织分析，也可指定组织，如"mashr_Whole_Blood"。
- model_db_path
字符串，预测模型所在文件夹的路径。
- covariance
字符串，包含协方差数据的文件夹的路径。
- gwas_file
字符串，GWAS汇总统计数据的文件路径。
- snp_col
字符串，GWAS 文件中rsid 对应的列名。
- effect_allele_col
字符串，GWAS 文件中效应等位基因的列名。
- other_allele_col
字符串，GWAS 文件中非效应等位基因的列名。
- zscore_col
字符串，GWAS 文件中 Z 评分对应的列名。
- opt_arguments
SPrediXcan.py的其他命令行参数(设置test_help=TRUE查看)，默认NULL。
- cores
数值，并行运算电脑的线程数。
- save_name
字符串，输出文件的名称。
- save_path
字符串，输出文件的存储路径。