使用GTEX v8 MAHR 预测模型进行S-PrediXcan分析

详见：https://github.com/hakyimlab/MetaXcan/wiki/Tutorial:-GTEx-v8-MASH-models-integration-with-a-Coronary-Artery-Disease-GWAS

Usage

SPrediXcan(
  test_help = FALSE,
  GTEX_tissue = "all",
  model_db_path = "./data/models/eqtl/mashr",
  covariance = "./data/models/eqtl/mashr",
  gwas_file = "./imputation/imputed_bmi_MTAG.txt.gz",
  snp_col = "panel_variant_id",
  effect_allele_col = "effect_allele",
  other_allele_col = "non_effect_allele",
  zscore_col = "zscore",
  opt_arguments = NULL,
  cores = 1,
  save_name = "bmi_MTAG",
  save_path = "./spredixcan"
)

Arguments

test_help

逻辑值，是否调阅SPrediXcan.py的帮助文档，默认值为 FALSE。

GTEX_tissue

字符串，GTEx v8组织类型，默认值为 "all"（即对所有组织进行分析），也可指定为特定组织，如"mashr_Whole_Blood"。

model_db_path

字符串，预测模型所在文件夹的路径。

covariance

字符串，包含协方差数据的文件夹路径。

gwas_file

字符串，GWAS汇总统计数据的文件路径，必须为 TwosampleMR 格式。

snp_col

字符串，GWAS文件中 rsid 对应的列名。

effect_allele_col

字符串，GWAS文件中效应等位基因的列名。

other_allele_col

字符串，GWAS文件中非效应等位基因的列名。

zscore_col

字符串，GWAS文件中 Z 评分对应的列名。

opt_arguments

字符串，SPrediXcan.py的其他命令行参数（设置test_help=TRUE查看帮助文档），默认值为 NULL。

cores

数值，表示并行运算时使用的电脑线程数，默认值为 1。

save_name

字符串，输出文件的名称。

save_path

字符串，输出文件的存储路径。

Value

无返回值。生成的结果将保存在指定的 save_path 文件夹中。