FOCUS分析的输入格式数据转换

输出.sumstats.gz格式数据(表头：CHR BP SNP A1 A2 Z N )，官网：https://github.com/mancusolab/ma-focus/wiki/Cleaning-GWAS-summary-data。

Usage

TWAS_FOCUS_format_data(
  GWASfile = " ",
  N = NULL,
  FOCUS_munge = TRUE,
  save_name = " ",
  save_path = "./"
)

Arguments

GWASfile

字符串，标准的TwosampleMR格式数据文件路径。

N

数值，样本量。如果TwosampleMR格式数据samplesize列为NA，则需要补充该参数，默认值为NULL。

FOCUS_munge

布尔值，是否调用FOCUS软件格式化数据，默认TRUE。

save_name

字符串，指定输出文件名称。

save_path

字符串，指定输出文件保存的目录，默认当前工作路径下，如果设置为NULL，则不保存文件。

Value

data，返回格式化后的数据。