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使用FOCUS软件创建权重数据

TWAS_FOCUS_import.Rd

软件官网：https://github.com/mancusolab/ma-focus/wiki/Creating-a-weight-database。

Usage

TWAS_FOCUS_import(
  import_help = FALSE,
  path = "./WEIGHTS/GTExv8.EUR.Whole_Blood.nofilter.pos",
  resource = "fusion",
  tissue = "Whole_Blood",
  name = "Whole_Blood",
  assay = "rnaseq",
  opt_arguments = c("--use-ens-id", "--from-gencode"),
  save_name = "GTExv8.EUR.Whole_Blood.nofilter.pos",
  save_path = "FOCUS_WEIGHTS"
)

Arguments

import_help

是否调阅FOCUS软件import的帮助文档，默认FALSE。

path

FUSION/PrediXcan的权重数据所在文件的路径，如"./WEIGHTS/GTExv8.EUR.Whole_Blood.nofilter.pos"。

resource

权重数据文件来源，"fusion"或"PrediXcan"，默认"fusion"。

tissue

组织类型，如"Whole_Blood"。

name

Name for expression reference panel (e.g., GTEx).

assay

Technology used to measure expression levels (e.g.,rnaseq)."rnaseq"或"array"。

opt_arguments

FOCUS软件import的其他命令行参数(设置test_help = TRUE查看参数)，默认NULL。

save_name

保存文件的文件名称。

save_path

文件保存路径。