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使用FOCUS软件创建权重数据

TWAS_FOCUS_import.Rd

软件官网：https://github.com/mancusolab/ma-focus/wiki/Creating-a-weight-database。

Usage

TWAS_FOCUS_import(
  import_help = FALSE,
  path = "./WEIGHTS/GTExv8.EUR.Whole_Blood.nofilter.pos",
  resource = "fusion",
  tissue = "Whole_Blood",
  name = "Whole_Blood",
  assay = "rnaseq",
  opt_arguments = c("--use-ens-id", "--from-gencode"),
  save_name = "GTExv8.EUR.Whole_Blood.nofilter.pos",
  save_path = "FOCUS_WEIGHTS"
)

Arguments

import_help

逻辑值，是否调阅FOCUS软件import的帮助文档，默认值为 FALSE。

path

字符串，FUSION/PrediXcan的权重数据所在文件的路径，如"./WEIGHTS/GTExv8.EUR.Whole_Blood.nofilter.pos"。

resource

字符串，权重数据文件来源，可以为"fusion"或"PrediXcan"，默认值为"fusion"。

tissue

字符串，组织类型，如"Whole_Blood"。

name

字符串，表达参考面板的名称，例如"GTEx"。

assay

字符串，测量表达水平的技术类型，如"rnaseq"或"array"。

opt_arguments

字符串向量，FOCUS软件import的其他命令行参数（设置test_help = TRUE查看参数），默认值为c("--use-ens-id", "--from-gencode")。

save_name

字符串，保存文件的文件名称。

save_path

字符串，文件保存路径。