绘制双向柱状图
Visualizing_bidir_plot.Rd
绘制双向柱状图
Usage
Visualizing_bidir_plot(
trait1_file = "./LDSC/S_LDSC/xxx.results",
trait2_file = "./LDSC/S_LDSC/xxx.results",
Pval_threshold = 0.05,
Pval_column = "Enrichment_p",
category_column = "Category",
trait1_name = "XXX",
trait2_name = "XXX",
color_trait1 = "#5A9BD4",
color_trait2 = "#E6958A",
y_axis_label = "Category",
y_axis_label_size = 10,
y_axis_font_size = 8,
x_axis_font_size = 8,
x_axis_label = expression(-log[10](pval)),
x_axis_label_size = 8,
x_axis_breaks = c(-12, -10, -8, -6, -4, -2, 0, 2, 4, 6, 8, 10, 12),
legend_title_size = 12,
legend_text_size = 10,
pdf_width = 10,
pdf_height = 5.5,
save_name = "s_ldsc",
save_path = "./"
)
Arguments
- trait1_file
字符串,表示第一个性状的结果文件路径。默认为"./LDSC/S_LDSC/xxx.results"。
- trait2_file
字符串,表示第二个性状的结果文件路径。默认为"./LDSC/S_LDSC/xxx.results"。
- Pval_threshold
数值型,表示p值的阈值。函数将筛选出p值小于该阈值的类别,并仅保留这部分数据。默认为0.05。若设置为NULL或者1,则全部保留。
- Pval_column
字符串,表示数据中用于存储p值的列名。默认为"Enrichment_p"。
- category_column
字符串,表示数据中存储类别信息的列名(用于按类别排序)。默认为"Category"。
- trait1_name
字符串,表示第一个性状的名称(例如疾病名称)。
- trait2_name
字符串,表示第二个性状的名称(例如疾病名称)。
- color_trait1
字符串,表示第一个性状的颜色。默认为"#5A9BD4"。
- color_trait2
字符串,表示第二个性状的颜色。默认为"#E6958A"。
- y_axis_label
字符串,表示y轴标签的内容。默认为"Category"。
- y_axis_label_size
数值型,表示y轴标签字体的大小。默认为10。
- y_axis_font_size
数值型,表示y轴字体的大小。默认为8。
- x_axis_font_size
数值型,表示x轴字体的大小。默认为8。
- x_axis_label
字符串或表达式,表示x轴标签的内容。默认为表达式(-log10)。
- x_axis_label_size
数值型,表示x轴标签字体的大小。默认为8。
- x_axis_breaks
数值型向量,表示x轴刻度的位置。默认为c(-12, -10, -8, -6, -4, -2, 0, 2, 4, 6, 8, 10, 12)。
- legend_title_size
数值型,表示图例标题的字体大小。默认为12。
- legend_text_size
数值型,表示图例标签的字体大小。默认为10。
- pdf_width
数值型,表示保存PDF图形时图形的宽度。默认为10。
- pdf_height
数值型,表示保存PDF图形时图形的高度。默认为5.5。
- save_name
字符串,表示保存的PDF文件名。默认为"s_ldsc"。
- save_path
字符串,表示保存文件的路径。默认为"./"。