获取连锁的SNP

获取连锁的SNP

Usage

clump_LD_R2(
  dat,
  snp_col = "SNP",
  clump_kb = 1000,
  clump_r2 = 0.01,
  bfile_1000G = "G:/QTLMR_test/1kg.v3/EUR"
)

Arguments

dat

输入的GWAS数据。

snp_col

SNP列的名称。

clump_kb

连锁窗口大小范围，默认值为1000。

clump_r2

连锁系数r2大小，默认值为0.2。

bfile_1000G

字符串，千人基因组参考面板数据文件路径。勿使用MAF>0.01版本，完整版下载地址：http://fileserve.mrcieu.ac.uk/ld/1kg.v3.tgz。

Value

连锁的SNP