本地或在线方式去除连锁不平衡

Usage

clump_data_local_Online(
  dat,
  snp_col = "SNP",
  pval_col = "pval.exposure",
  clump_method = "PVAL",
  beta_col = "beta.exposure",
  se_col = "se.exposure",
  clump_pval = 5e-08,
  clump_kb = 10000,
  clump_r2 = 0.001,
  pop = "EUR",
  bfile_1000G = NULL
)

Arguments

dat: 输入的GWAS数据。
snp_col: SNP列的名称。
pval_col: P值列的名称。
clump_method: 去除连锁不平衡基于"PVAL"或"LOG10P"值，若数据中存在多个pval<计算机最小精确度1e-324时，请选择"LOG10P"。
beta_col: beta值列的名称，选择"LOG10P"，需要填写，。
se_col: se值列的名称，选择"LOG10P"，需要填写。
clump_pval: 显著性P值的过滤阈值，默认为5e-8。
clump_kb: 连锁不平衡窗口大小范围，默认值为10000。
clump_r2: 连锁不平衡系数r2大小，默认值为0.001。
pop: 人群种族，默认为"EUR"，在线方式去除连锁不平衡时需要填写。
bfile_1000G: NULL表示使用在线方式，本地方式请填写千人基因组参考面板数据文件的前缀路径（如：./1.data/1000G/EUR）。

Value

data