本地或在线方式去除连锁不平衡
clump_data_local_Online.Rd该函数用于根据给定的显著性P值和连锁不平衡（LD）系数，采用本地或在线方式去除GWAS数据中的连锁不平衡（LD）。支持根据"PVAL"或"LOG10P"值进行去除。若数据中存在多个p值接近计算机最小精度（1e-324），建议选择"LOG10P"方法。
Usage
clump_data_local_Online(
dat,
snp_col = "SNP",
pval_col = "pval.exposure",
clump_method = "PVAL",
beta_col = "beta.exposure",
se_col = "se.exposure",
clump_pval = 5e-08,
clump_kb = 10000,
clump_r2 = 0.001,
pop = "EUR",
bfile_1000G = NULL
)Arguments
- dat
输入的GWAS数据，必须为数据框（data frame）。
- snp_col
字符串，指定SNP列的名称。
- pval_col
字符串，指定P值列的名称。
- clump_method
字符串，指定去除连锁不平衡的方式，支持"PVAL"和"LOG10P"。
- beta_col
字符串，指定beta值列的名称，在选择"LOG10P"方法时需要填写此项。
- se_col
字符串，指定se值列的名称，在选择"LOG10P"方法时需要填写此项。
- clump_pval
数值，指定显著性P值的过滤阈值，默认为5e-8。
- clump_kb
数值，指定连锁不平衡的窗口大小范围，默认为10000。
- clump_r2
数值，指定连锁不平衡系数r2的大小，默认为0.001。
- pop
字符串，指定人群种族，默认为"EUR"。当选择在线方式去除连锁不平衡时需要填写。
- bfile_1000G
字符串，指定千人基因组参考面板数据文件的前缀路径（如：
./1.data/1000G/EUR）。若为NULL，则采用在线方式去除连锁不平衡。