coloc共定位分析并绘制locuscomparer图
coloc_abf.Rd该函数用于执行coloc.abf()共定位分析，并绘制locuscomparer图，评估暴露与结局之间的共定位关系。
Usage
coloc_abf(
exposure_dat,
outcome_dat,
type_exposure = "quant",
col_pvalues_exposure = "pval",
col_N_exposure = "N",
col_MAF_exposure = "MAF",
col_beta_exposure = "beta",
col_se_exposure = "se",
col_snp_exposure = "SNP",
col_chr_exposure = "CHR",
col_pos_exposure = "BP",
prevalence_exposure = NA,
type_outcome = "cc",
col_pvalues_outcome = "pval",
col_N_outcome = "samplesize",
col_MAF_outcome = NA,
col_beta_outcome = "beta",
col_se_outcome = "se",
col_snp_outcome = "SNP",
prevalence_outcome = NA,
save_stacked_dat = FALSE,
build = 38,
save_locus = FALSE,
title1 = "xQTL",
title2 = "GWAS",
width = 8,
height = 5,
plot_pdf = "locuscompare",
save_path = "./"
)Arguments
- exposure_dat
暴露数据的文件路径或数据框。非R包内置xQTL数据时，可使用'xQTL_cis_dat()'函数进行转换。
- outcome_dat
结局数据的文件路径或数据框。建议使用标准的TwosampleMR格式结局数据。
- type_exposure
字符串，暴露数据的GWAS类型，"quant"或"cc"。默认为"quant"（连续型数据），"cc"表示二分类数据。
- col_pvalues_exposure
字符串，暴露数据GWAS中p值所在的列名，默认为"pval"。
- col_N_exposure
字符串，暴露数据GWAS中样本量所在的列名，默认为"N"。
- col_MAF_exposure
字符串，暴露数据GWAS中次要等位基因频率所在的列名，默认为"MAF"。
- col_beta_exposure
字符串，暴露数据GWAS中beta系数所在的列名，默认为"beta"。
- col_se_exposure
字符串，暴露数据GWAS中标准误差所在的列名，默认为"se"。
- col_snp_exposure
字符串，暴露数据GWAS中SNP标识所在的列名，默认为"SNP"。
- col_chr_exposure
字符串，暴露数据GWAS中染色体标识所在的列名，默认为"CHR"。仅在'save_stacked_dat=TRUE'时使用。
- col_pos_exposure
字符串，暴露数据GWAS中位点位置标识所在的列名，默认为"BP"。仅在'save_stacked_dat=TRUE'时使用。
- prevalence_exposure
数字，暴露数据的患病率。适用于二分类数据，默认为NA。
- type_outcome
字符串，结局数据的GWAS类型，"quant"或"cc"。默认为"cc"（二分类数据），"quant"表示连续型数据。
- col_pvalues_outcome
字符串，结局数据GWAS中p值所在的列名，默认为"pval"。
- col_N_outcome
字符串，结局数据GWAS中样本量所在的列名，默认为"samplesize"。
- col_MAF_outcome
字符串，结局数据GWAS中最小等位基因频率所在的列名，默认为NA。
- col_beta_outcome
字符串，结局数据GWAS中beta系数所在的列名，默认为"beta"。
- col_se_outcome
字符串，结局数据GWAS中标准误差所在的列名，默认为"se"。
- col_snp_outcome
字符串，结局数据GWAS中SNP标识所在的列名，默认为"SNP"。
- prevalence_outcome
数字，结局数据的患病率，默认为NA。
- save_stacked_dat
逻辑值，是否返回基因组区域的stack_assoc_plot图数据，默认为FALSE。如果为TRUE，则返回assoc、SigSNP数据。
- build
数字，人类参考基因组版本，默认为38，亦支持37。
- save_locus
逻辑值，是否保存locuscomparer图，默认为FALSE。
- title1
字符串，xQTL图的标题。
- title2
字符串，GWAS图的标题。
- width
数字，绘图的宽度，默认为8。
- height
数字，绘图的高度，默认为5。
- plot_pdf
字符串，保存的PDF图形文件名，默认为"locuscompare"。
- save_path
字符串，图形文件的保存路径，默认为"./"。