共定位基因组区域数据提取 — coloc_format

根据index基因或SNP信息，提取指定基因组区域的xQTL或GWAS数据，用于共定位分析。

Usage

coloc_format_dat(
  GWAS_stats = c("./cis_IL2RB.txt", "./XXX_TwosampleMR.txt", "./XXX_TwosampleMR.txt"),
  ncases = c(NA, 1000, 2000),
  samplesizes = c(5000, 3000, 6000),
  gene = NULL,
  index_SNP = NULL,
  wind_kb = 1000,
  build = 37,
  PWCOCO = TRUE,
  Coloc = TRUE,
  save_path = "./"
)

Arguments

GWAS_stats: 字符向量，包含多个GWAS统计数据文件路径，格式为SNP、CHR、BP、effect_allele、other_allele、eaf、beta、se、pval，或标准TwosampleMR格式。
ncases: 数值向量，病例样本量，在PWCOCO = TRUE时需要，连续型GWAS数据填写NA。
samplesizes: 数值向量，性状的总样本量，与GWAS_stats中性状一一对应。
gene: 字符型，基因名称或ENSG ID。仅支持gene或index_SNP之一填写。
index_SNP: 字符型，SNP名称，推荐使用lead SNP。仅支持gene或index_SNP之一填写。
wind_kb: 数值，索引基因或SNP的上下游范围，单位kb，默认1000kb。
build: 整数，GWAS数据的基因组版本，37或38，所有GWAS_stats数据必须相同版本。
PWCOCO: 逻辑值，是否保存PWCOCO格式数据。
Coloc: 逻辑值，是否保存Coloc格式数据。
save_path: 字符型，结果文件保存路径。

Value

无返回值。