共定位基因组区域数据提取 — coloc_format

根据index基因/SNP信息，提取指定基因组区域xQTL或GWAS数据，用于后续共定位分析。

Usage

coloc_format_dat(
  GWAS_stats = c("./cis_IL2RB.txt", "./XXX_TwosampleMR.txt", "./XXX_TwosampleMR.txt"),
  ncases = c(NA, 1000, 2000),
  samplesizes = c(5000, 3000, 6000),
  gene = NULL,
  index_SNP = NULL,
  wind_kb = 1000,
  build = 37,
  PWCOCO = TRUE,
  Coloc = TRUE,
  save_path = "./"
)

Arguments

GWAS_stats: 两个或多个包含列名为SNP、CHR、BP、effect_allele、other_allele、eaf、beta、se、pval格式或标准TwosampleMR格式数据文件路径向量。
ncases: 非必填，PWCOCO = TRUE时需填写每个性状的病例样本量，与 GWAS_stats 中的性状一一对应，如c(NA,1000,2000)，连续型GWAS数据的中的病例样本数为NA。
samplesizes: 必填，每个性状的总样本量，与 GWAS_stats 中的性状一一对应，如c(5000,3000,6000)。
gene: index基因名称或者ENSG ID。注意：只能选择gene与index_SNP其中一个填写。
index_SNP: index SNP名称，建议为lead SNP。注意：只能选择gene与index_SNP其中一个填写。
wind_kb: index基因/SNP的基因座上下游范围，默认1000kb，即1000000bp。
build: GWAS数据的基因组版本，37或38。注意：所有的GWAS_stats输入数据必须是相同基因组版本！
PWCOCO: 逻辑值，是否保存数据提取后PWCOCO输入格式数据。
Coloc: 逻辑值，是否保存数据提取后Coloc输入格式数据。
save_path: 结果文件保存路径。

Value

无返回值。