绘制stack_assoc_plot图
coloc_stack_assoc_plot.Rd绘制stack_assoc_plot图
Usage
coloc_stack_assoc_plot(
assoc,
bfile_1000G = "G:/QTLMR_test/1kg.v3/EUR",
SNP = NULL,
build = 38,
title1 = "xQTL",
title2 = "GWAS",
save_plot = FALSE,
width = 9,
height = 10,
plot_pdf = "stack_assoc_plot",
save_path = "./"
)Arguments
- assoc
运行coloc_GWAS函数时输出的stack_assoc_plot绘图数据。
- bfile_1000G
千人基因组参考面板数据文件路径。勿使用MAF>0.01版本，完整版下载地址：http://fileserve.mrcieu.ac.uk/ld/1kg.v3.tgz。
- SNP
需要展示的rsid，填写NULL时默认为最显著的SNP。
- build
37或38，人类参考基因组版本，默认38。
- title1
xQTL图的标题。
- title2
GWAS图的标题。
- save_plot
TRUE或FALSE，是否保存stack_assoc_plot作图，默认为FALSE。
- width
图形宽度。
- height
图形高度。
- plot_pdf
保存的pdf图形文件名，默认"stack_assoc_plot"。
- save_path
图形文件保存路径，默认"./"。