绘制stack_assoc_plot图
coloc_stack_assoc_plot.Rd该函数用于绘制stack_assoc_plot图，展示GWAS和xQTL数据的叠加关系。
Usage
coloc_stack_assoc_plot(
assoc,
bfile_1000G = "G:/QTLMR_test/1kg.v3/EUR",
SNP = NULL,
build = 38,
title1 = "xQTL",
title2 = "GWAS",
save_plot = FALSE,
width = 9,
height = 10,
plot_pdf = "stack_assoc_plot",
save_path = "./"
)Arguments
- assoc
一个数据框，包含coloc_GWAS函数输出的stack_assoc_plot绘图数据。
- bfile_1000G
字符串，千人基因组参考面板数据文件路径。请勿使用MAF>0.01版本。完整版下载地址：http://fileserve.mrcieu.ac.uk/ld/1kg.v3.tgz。
- SNP
字符串或NULL，指定需要展示的rsid。若为NULL，则默认展示最显著的SNP。
- build
整数，指定人类参考基因组版本。支持37或38，默认值为38。
- title1
字符串，xQTL图的标题。
- title2
字符串，GWAS图的标题。
- save_plot
逻辑值，是否保存stack_assoc_plot图。默认为FALSE。
- width
数值，指定图形的宽度。
- height
数值，指定图形的高度。
- plot_pdf
字符串，保存的PDF图形文件名，默认为"stack_assoc_plot"。
- save_path
字符串，图形文件保存路径，默认为当前目录"./"。