cond/conjFDR分析 — cond_conjFDR • QTLMR

使用cfdr.pleio包实现了cond/conjFDR两种推断方法，以利用和识别一对表型性状之间的遗传多效性。详见：https://github.com/alexploner/cfdr.pleio。

Usage

cond_conjFDR(
  GWASfile = c("./dat/trait1_MTAG.txt", "./dat/trait2_MTAG.txt"),
  trait_names = c("trait1", "trait2"),
  refdata_location = "./REF_DIR",
  n_iter = 50,
  seed = 154226,
  save_name = "res",
  save_path = "./cond_conjFDR"
)

Arguments

GWASfile: 包含两个或多个GWAS数据文件的路径，可由format_dat()转换获得，MTAG或METAL格式数据。
trait_names: 性状名称，默认c("trait1", "trait2")。
refdata_location: 字符串，遗传参考数据的文件夹路径。下载地址：https://zenodo.org/record/5750318/files/genref.zip，需解压使用。
n_iter: 整数，迭代的次数，默认50。为了最小化随机选择的影响。
seed: 整数，设置随机种子数。默认154226。
save_name: 字符串，输出文件名。
save_path: 字符串，存储结果文件的目录。

Value

分析结果。