将FinnGen数据库.gz文件数据清洗与格式转换
format_data_FinnGen.Rd将FinnGen数据库.gz文件数据清洗与格式转换
Usage
format_data_FinnGen(
GWASfile = " ",
GWAS_name = " ",
save_path = "./",
type = "outcome",
min_pval = 1e-200,
build_to_hg19 = FALSE,
Twosample_dat = TRUE,
SMR_dat = TRUE,
MTAG_dat = TRUE,
METAL_dat = TRUE
)Arguments
- GWASfile
指定FinnGen数据库.gz文件的路径。
- GWAS_name
指定输出文件名称。
- save_path
指定输出文件将保存的目录，默认当前工作路径下。
- type
Twosample数据类型，"exposure"或"outcome"，默认为"outcome"。
- min_pval
允许的最小p值。默认为
1e-200。- build_to_hg19
TRUE或FALSE，是否使用liftover函数将GRCh38转换成GRCh37，默认为FALSE。
- Twosample_dat
TRUE或FALSE，是否保存TwosampleMR数据文件，默认为TRUE。
- SMR_dat
TRUE或FALSE，是否保存SMR数据文件，默认为TRUE。
- MTAG_dat
TRUE或FALSE，是否保存MTAG分析输入数据文件，默认为TRUE。
- METAL_dat
TRUE或FALSE，是否保存metal分析输入数据文件，默认为TRUE。