将FinnGen数据库.gz文件数据清洗与格式转换
format_data_FinnGen.Rd将FinnGen数据库.gz文件数据清洗与格式转换
Usage
format_data_FinnGen(
GWASfile = " ",
GWAS_name = " ",
save_path = "./",
type = "outcome",
min_pval = 1e-200,
build_to_hg19 = FALSE,
Twosample_dat = TRUE,
SMR_dat = TRUE,
MTAG_dat = TRUE,
GWASinspector_dat = FALSE,
METAL_dat = TRUE
)Arguments
- GWASfile
字符串，FinnGen数据库.gz文件的路径。
- GWAS_name
字符串，输出文件的名称。
- save_path
字符串，指定输出文件保存的目录路径，默认为当前工作目录。
- type
字符串，Twosample数据的类型，取值为"exposure"或"outcome"，默认为"outcome"。
- min_pval
数值，允许的最小p值，默认为
1e-200。- build_to_hg19
逻辑值，是否使用liftover函数将GRCh38转换为GRCh37，默认为FALSE。
- Twosample_dat
逻辑值，是否保存TwosampleMR数据文件，默认为TRUE。
- SMR_dat
逻辑值，是否保存SMR数据文件，默认为TRUE。
- MTAG_dat
逻辑值，是否保存MTAG分析输入数据文件，默认为TRUE。
- GWASinspector_dat
布尔值，指定是否保存GWASinspector分析输入数据文件，默认为
FALSE。- METAL_dat
逻辑值，是否保存METAL分析输入数据文件，默认为TRUE。