IEU数据库.VCF文件数据格式转换

Usage

format_data_IEU_VCF(
  IEU_VCF = "ieu-a-30.vcf.gz",
  type = "outcome",
  ncase = NA,
  ncontrol = NA,
  samplesize,
  min_pval = 1e-200,
  Twosample_dat = TRUE,
  SMR_dat = TRUE,
  MTAG_dat = TRUE,
  METAL_dat = TRUE,
  save_name = "CD",
  save_path = "./CD"
)

Arguments

IEU_VCF: IEU数据库的id号或.VCF本地文件路径。
type: Twosample数据类型，"exposure"或"outcome"，默认为"outcome"。
ncase: 选填，病例组样本量，连续型GWAS数据的中的病例组样本量，填NA。
ncontrol: 选填，对照组样本量，连续型GWAS数据的中的对照组样本量，填NA。
samplesize: 必填，GWAS总样本量。
min_pval: 允许的最小p值。默认为1e-200。
Twosample_dat: TRUE或FALSE，是否保存TwosampleMR数据文件，默认为TRUE。
SMR_dat: TRUE或FALSE，是否保存SMR数据文件，默认为TRUE。
MTAG_dat: TRUE或FALSE，是否保存MTAG分析输入数据文件，默认为TRUE。
METAL_dat: TRUE或FALSE，是否保存metal分析输入数据文件，默认为TRUE。
save_name: 保存的文件名称。
save_path: 指定输出文件将保存的目录，默认当前工作路径下。

Value

TwosampleMR格式数据。

Details

此函数读取IEU数据库.VCF文件，格式化的数据保存为TwosampleMR、SMR、METAL格式的文件。