IEU数据库.VCF文件数据格式转换

Usage

format_data_IEU_VCF(
  IEU_VCF = "ieu-a-30.vcf.gz",
  type = "outcome",
  ncase = NA,
  ncontrol = NA,
  samplesize,
  min_pval = 1e-200,
  Twosample_dat = TRUE,
  SMR_dat = TRUE,
  MTAG_dat = TRUE,
  GWASinspector_dat = FALSE,
  METAL_dat = TRUE,
  save_name = "CD",
  save_path = "./CD"
)

Arguments

IEU_VCF: 字符串，IEU数据库的id号或.VCF本地文件路径。
type: 字符串，Twosample数据的类型，取值为"exposure"或"outcome"，默认为"outcome"。
ncase: 数值，病例组样本量，针对连续型GWAS数据中的病例组样本量，若无数据可填NA。
ncontrol: 数值，对照组样本量，针对连续型GWAS数据中的对照组样本量，若无数据可填NA。
samplesize: 数值，GWAS的总样本量，为必填项。
min_pval: 数值，允许的最小p值，默认为1e-200。
Twosample_dat: 逻辑值，是否保存TwosampleMR数据文件，默认为TRUE。
SMR_dat: 逻辑值，是否保存SMR数据文件，默认为TRUE。
MTAG_dat: 逻辑值，是否保存MTAG分析输入数据文件，默认为TRUE。
GWASinspector_dat: 布尔值，指定是否保存GWASinspector分析输入数据文件，默认为FALSE。
METAL_dat: 逻辑值，是否保存METAL分析输入数据文件，默认为TRUE。
save_name: 字符串，保存的文件名称。
save_path: 字符串，指定输出文件保存的目录路径，默认为当前工作目录。

Value

返回TwosampleMR格式的数据。

Details

该函数读取IEU数据库的.VCF文件，清洗并格式化数据后，保存为TwosampleMR、SMR、METAL格式的文件。