将decode原始数据文件重注释与格式转换
format_data_decode.Rd将decode原始数据txt.gz文件重注释并转换为标准的TwosampleMR、SMR、coloc共定位文件。 注意：此功能会对原始数据进行重新注释！
Usage
format_data_decode(
GWASfile = "XXX.txt.gz",
assocvariants_file = "assocvariants.annotated.txt.gz",
cis_wind_kb = 1000,
build = 38,
save_path = "./",
type = "outcome",
Twosample_dat = TRUE,
coloc_dat = TRUE,
SMR_data = TRUE
)Arguments
- GWASfile
字符串，decode数据原始文件txt.gz的路径。
- assocvariants_file
字符串，decode数据的注释文件路径。
- cis_wind_kb
数值，顺式pQTL的上下游范围，单位为kb，默认为1000kb（即1MB）。
- build
数值，参考人类基因组版本，支持37或38，默认为38。
- save_path
字符串，指定输出文件保存的目录路径，默认为当前工作目录。
- type
字符串，Twosample数据的类型，取值为"exposure"或"outcome"，默认为"outcome"。
- Twosample_dat
逻辑值，是否保存TwosampleMR数据文件，默认为TRUE。
- coloc_dat
逻辑值，是否保存coloc共定位数据文件，默认为TRUE。
- SMR_data
逻辑值，是否保存SMR分析输入数据文件，默认为TRUE。