将decode原始数据文件重注释与格式转换
format_data_decode.Rd
将decode原始数据txt.gz文件重注释转换为标准TwosampleMR、SMR、coloc共定位文件, 注意:此功能将重新注释原始数据!
Usage
format_data_decode(
GWASfile = "XXX.txt.gz",
assocvariants_file = "assocvariants.annotated.txt.gz",
cis_wind_kb = 1000,
build = 38,
save_path = "./",
type = "outcome",
Twosample_dat = TRUE,
coloc_dat = TRUE,
SMR_data = TRUE
)
Arguments
- GWASfile
指定decode数据原始文件txt.gz文件的路径。
- assocvariants_file
decode数据注释文件。
- cis_wind_kb
指定顺式pQTL的上下游范围,默认1000kb,即1MB。
- build
37或38,人类参考基因组版本,默认38。
- save_path
指定输出文件将保存的目录,默认当前工作路径下。
- type
Twosample数据类型,"exposure"或"outcome"默认为"outcome"。
- Twosample_dat
TRUE或FALSE,是否保存TwosampleMR数据文件,默认为TRUE。
- coloc_dat
TRUE或FALSE,是否保存coloc共定位数据文件,默认为TRUE。
- SMR_data
TRUE或FALSE,是否保存SMR分析输入数据文件,默认为TRUE。