将fenland pQTL原始数据格式转换与清洗 — format_data_fenland • QTLMR

将原始数据转换为标准TwosampleMR、SMR、coloc共定位文件。

Usage

format_data_fenland(
  GWASfile = " ",
  cis_wind_kb = 1000,
  build = 37,
  save_path = "./",
  type = "outcome",
  Twosample_dat = TRUE,
  coloc_dat = TRUE,
  SMR_data = TRUE
)

Arguments

GWASfile: 指定fenland数据原始文件txt.gz文件的路径。
cis_wind_kb: 指定顺式pQTL的上下游范围，默认1000kb，即1MB。
build: 37或38，人类参考基因组版本，默认37。
save_path: 指定输出文件将保存的目录，默认当前工作路径下。
type: Twosample数据类型，"exposure"或"outcome"默认为"outcome"。
Twosample_dat: TRUE或FALSE，是否保存TwosampleMR数据文件，默认为TRUE。
coloc_dat: TRUE或FALSE，是否保存coloc共定位数据文件，默认为TRUE。
SMR_data: TRUE或FALSE，是否保存SMR分析输入数据文件，默认为TRUE。

Value

TwosampleMR格式数据或coloc共定位数据。