将fenland pQTL原始数据格式转换与清洗
format_data_fenland.Rd将fenland原始数据转换为标准的TwosampleMR、SMR、coloc共定位文件。
Usage
format_data_fenland(
GWASfile = " ",
cis_wind_kb = 1000,
build = 37,
save_path = "./",
type = "outcome",
Twosample_dat = TRUE,
coloc_dat = TRUE,
SMR_data = TRUE
)Arguments
- GWASfile
字符串，fenland数据原始文件txt.gz的路径。
- cis_wind_kb
数值，顺式pQTL的上下游范围，单位为kb，默认为1000kb（即1MB）。
- build
数值，参考人类基因组版本，支持37或38，默认为37。
- save_path
字符串，指定输出文件保存的目录路径，默认为当前工作目录。
- type
字符串，Twosample数据的类型，取值为"exposure"或"outcome"，默认为"outcome"。
- Twosample_dat
逻辑值，是否保存TwosampleMR数据文件，默认为TRUE。
- coloc_dat
逻辑值，是否保存coloc共定位数据文件，默认为TRUE。
- SMR_data
逻辑值，是否保存SMR分析输入数据文件，默认为TRUE。