将ukb nealelab数据库tsv.bgz文件清洗与格式转换

将ukb nealelab数据库tsv.bgz文件清洗与格式转换

Usage

format_data_ukb_Neale(
  GWASfile = " ",
  variants_ref = " ",
  GWAS_name = " ",
  save_path = "./",
  type = "outcome",
  min_pval = 1e-200,
  low_confidence_SNP = FALSE,
  Twosample_dat = TRUE,
  SMR_dat = TRUE,
  MTAG_dat = TRUE,
  METAL_dat = TRUE
)

Arguments

GWASfile

指定ukb nealelab数据库tsv.bgz文件的路径。

variants_ref

SNP注释文件路径。

GWAS_name

指定输出文件名称。

save_path

指定输出文件将保存的目录，默认当前工作路径下。

type

Twosample数据类型，"exposure"或"outcome"默认为"outcome"。

min_pval

允许的最小p值。默认为1e-200。

low_confidence_SNP

TRUE或FALSE，是否过滤low confidence variant，默认为FALSE。

Twosample_dat

TRUE或FALSE，是否保存TwosampleMR数据文件,默认为TRUE。

SMR_dat

TRUE或FALSE，是否保存SMR数据文件，默认为TRUE。

MTAG_dat

TRUE或FALSE，是否保存MTAG分析输入数据文件，默认为TRUE。

METAL_dat

TRUE或FALSE，是否保存meta分析输入数据文件，默认为TRUE。

Value

TwosampleMR格式数据。

Details

此函数读取ukb nealelab数据库tsv.bgz文件，格式化的数据保存为TwosampleMR、SMR、METAL、MTAG格式的文件。