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将ukb nealelab数据库tsv.bgz文件清洗与格式转换

format_data_ukb_Neale.Rd

该函数读取ukb nealelab数据库的tsv.bgz文件，清洗并格式化数据后，保存为TwosampleMR、SMR、METAL、MTAG格式的文件。

Usage

format_data_ukb_Neale(
  GWASfile = " ",
  variants_ref = " ",
  GWAS_name = " ",
  save_path = "./",
  type = "outcome",
  min_pval = 1e-200,
  low_confidence_SNP = FALSE,
  build_to_hg38 = FALSE,
  Twosample_dat = TRUE,
  SMR_dat = TRUE,
  MTAG_dat = TRUE,
  GWASinspector_dat = TRUE,
  METAL_dat = TRUE
)

Arguments

GWASfile

字符串，指定ukb nealelab数据库tsv.bgz文件的路径。

variants_ref

字符串，SNP注释文件的路径。

GWAS_name

字符串，指定输出文件的名称。

save_path

字符串，指定输出文件保存的目录路径，默认为当前工作目录。

type

字符串，Twosample数据的类型，取值为"exposure"或"outcome"，默认为"outcome"。

min_pval

数值，允许的最小p值，默认为1e-200。

low_confidence_SNP

逻辑值，是否过滤低置信度SNP，默认为FALSE。

build_to_hg38

逻辑值，是否使用liftover函数将GRCh37转换为GRCh38，默认为FALSE。

Twosample_dat

逻辑值，是否保存TwosampleMR数据文件，默认为TRUE。

SMR_dat

逻辑值，是否保存SMR数据文件，默认为TRUE。

MTAG_dat

逻辑值，是否保存MTAG分析输入数据文件，默认为TRUE。

GWASinspector_dat

布尔值，指定是否保存GWASinspector分析输入数据文件，默认为FALSE。

METAL_dat

逻辑值，是否保存METAL分析输入数据文件，默认为TRUE。

Value

返回TwosampleMR格式的数据。