ukb_ppp项目.gz文件数据提取与格式转换

将ukb_ppp基因所在染色体的数据.gz文件重注释转换为标准SMR、coloc共定位文件， 注意：此功能将提取ukb_ppp的顺式pQTL数据！

Usage

format_data_ukb_pQTL_cis(
  GWASfile = "discovery_chr1_ACADM_P11310_OID31277_v1_Oncology_II.gz",
  assocvariants_file = "olink_rsid_map_mac5_info03_b0_7_chr1_patched_v2.tsv.gz",
  cis_wind_kb = 1000,
  build = 38,
  SMR_data = TRUE,
  save_path = "./"
)

Arguments

GWASfile

ukb_ppp基因所在染色体的数据.gz文件的路径，原始数据文件解压所得。

assocvariants_file

ukb_ppp基因所在染色体的数据的注释文件。

cis_wind_kb

指定顺式pQTL的上下游范围，默认1000kb，即1MB。

build

37或38，人类参考基因组版本，默认38。

SMR_data

TRUE或FALSE，是否保存SMR分析输入数据文件，默认为TRUE。

save_path

指定输出文件将保存的目录，默认当前工作路径下。

Value

顺式pQTL数据。