ukb_ppp项目.gz文件数据提取与格式转换

将ukb_ppp基因所在染色体的数据.gz文件进行重注释，转换为标准的SMR、coloc共定位文件。 注意：此功能将提取ukb_ppp的顺式pQTL数据！

Usage

format_data_ukb_pQTL_cis(
  GWASfile = "discovery_chr1_ACADM_P11310_OID31277_v1_Oncology_II.gz",
  assocvariants_file = "olink_rsid_map_mac5_info03_b0_7_chr1_patched_v2.tsv.gz",
  cis_wind_kb = 1000,
  build = 38,
  SMR_data = TRUE,
  save_path = "./"
)

Arguments

GWASfile

字符串，ukb_ppp基因所在染色体的数据.gz文件的路径，解压后的原始数据文件。

assocvariants_file

字符串，ukb_ppp基因所在染色体数据的注释文件路径。

cis_wind_kb

数值，指定顺式pQTL的上下游范围，默认为1000kb（即1MB）。

build

数值，参考基因组版本，取值为37或38，默认为38。

SMR_data

逻辑值，是否保存SMR分析输入数据文件，默认为TRUE。

save_path

字符串，指定输出文件保存的目录路径，默认为当前工作目录。

Value

返回顺式pQTL数据。