获取传统药靶基因工具变量
get_Drugs_gene_IVs.Rd该函数用于获取指定药物靶基因的工具变量。用户可以提供GWAS文件路径或IEU Open GWAS数据库的ID，通过指定药物靶基因的Ensembl ID，结合特定区域（上下游窗口）进行筛选。函数还包括连锁不平衡的聚类与过滤步骤，确保筛选出符合条件的SNP。
Usage
get_Drugs_gene_IVs(
GWASfile = "ieu-b-110",
gene_id = "PCSK9",
wind_kb = 100,
clump_pval = 5e-08,
clump_kb = 100,
clump_r2 = 0.3,
min_eaf = 0.01,
build = 37,
pop = "EUR",
bfile_1000G = NULL
)Arguments
- GWASfile
字符串，GWAS数据文件路径（TwosampleMR格式）或IEU Open GWAS数据库ID。
- gene_id
字符串，指定药物靶基因名称或Ensembl ID。
- wind_kb
数值，指定药物靶基因在GWAS中的上下游区域范围，单位为kb，默认为100kb（即100000bp）。
- clump_pval
数值，GWAS显著性P值过滤阈值，默认为5e-8。
- clump_kb
数值，指定连锁不平衡窗口大小范围，单位为kb，默认为100kb。
- clump_r2
数值，指定连锁不平衡系数r2大小，默认为0.3。
- min_eaf
数值，效应等位基因频率过滤阈值，默认为0.01。
- build
数值，GWAS数据的人类参考基因组版本，支持37（GRCh37）或38（GRCh38），默认为37。
- pop
字符串，人群种族，默认为"EUR"，在线方式时需要填写。
- bfile_1000G
字符串，千人基因组参考面板数据文件路径前缀，如果使用本地数据进行连锁不平衡计算，填写该参数；如果使用在线方式，则为NULL。