获取传统药靶基因工具变量
get_Drugs_gene_IVs.Rd获取传统药靶基因工具变量
Usage
get_Drugs_gene_IVs(
GWASfile = "ieu-b-110",
gene_id = "PCSK9",
wind_kb = 100,
clump_pval = 5e-08,
clump_kb = 100,
clump_r2 = 0.3,
min_eaf = 0.01,
build = 37,
pop = "EUR",
bfile_1000G = NULL
)Arguments
- GWASfile
Twosample格式的完整数据文件路径或IEU Open GWAS数据库id。
- gene_id
特定药物靶基因名称或基因Ensembl id。
- wind_kb
特定药物靶基因在GWAS中的编码起始上下游区域范围，默认100kb，即100000bp。
- clump_pval
GWAS的显著性P值的过滤阈值，默认为5e-8。
- clump_kb
连锁不平衡窗口大小范围，默认值为100kb。
- clump_r2
连锁不平衡系数r2大小，默认值为0.3。
- min_eaf
效应等位基因频率过滤阈值，默认0.01。
- build
37或38，GWASfile的人类参考基因组版本，默认37。
- pop
人群种族，默认为"EUR"，在线方式去除连锁不平衡时需要填写。
- bfile_1000G
NULL表示使用在线方式，本地方式请填写千人基因组参考面板数据文件的前缀路径（如：
./1.data/1000G/EUR）。