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该函数从GTEx_V8数据库在线获取指定基因的顺式eQTL数据,并将数据根据指定的上下游范围(cis_wind_kb)提取。支持基因组版本(build)选择和顺式eQTL数据保存路径的自定义。

Usage

get_ciseQTL_GTEx_V8_Online(
  Gene_name = "PCSK9",
  tissues = "Whole Blood",
  cis_wind_kb = 1000,
  build = 38,
  save_path = "./"
)

Arguments

Gene_name

字符串,指定要分析的基因名称(例如:"PCSK9")。

tissues

字符串,指定eQTL数据来源的组织类型,默认为"Whole Blood"。可根据需要选择其他组织类型。

cis_wind_kb

数值,顺式eQTL数据的上下游范围,单位为kb,默认为1000kb(即1MB)。

build

数值,指定人类参考基因组版本,支持37(GRCh37)或38(GRCh38),默认为38。

save_path

字符串,指定保存eQTL数据文件的路径,默认为当前工作路径("./")。

Value

返回一个数据框,包含从GTEx_V8数据库获取的顺式eQTL数据,包含SNP、效应、p值等信息。