在线获取"decode"或"ukb_ppp"的顺式pQTL数据 — get_cispQTL_decode_ukb

该函数用于从指定资源（"decode"或"ukb_ppp"）在线获取指定基因的顺式pQTL数据。用户可以根据基因名称或Ensembl ID以及相关的pQTL资源来提取顺式pQTL数据，并指定上下游范围（cis_wind_kb）。支持保存SMR分析输入数据文件。

Usage

get_cispQTL_decode_ukb_Online(
  gene = "SOD2",
  gene_ID = "0ID21114",
  resource = "ukb_ppp",
  cis_wind_kb = 1000,
  build = 38,
  save_name = "0ID21114",
  save_path = "./",
  SMR_data = TRUE
)

Arguments

gene: 字符串，指定基因名称或Ensembl ID。
gene_ID: 字符串，指定pQTL数据来源的ID，"decode"数据为SomaScan ID，"ukb_ppp"数据为OlinkID，分别通过函数data_info_decode_pQTL()或data_info_ukb_ppp_pQTL()查询。
resource: 字符串，指定pQTL数据来源，"decode"或"ukb_ppp"。
cis_wind_kb: 数值，指定顺式pQTL数据的上下游范围，单位为kb，默认为1000kb（即1MB）。
build: 数值，指定人类参考基因组版本，支持37（GRCh37）或38（GRCh38），默认为38。
save_name: 字符串，指定分析结果文件名，建议设置为基因名。
save_path: 字符串，指定保存pQTL数据文件的路径，默认为当前工作路径（"./"）。
SMR_data: 逻辑值，是否保存SMR分析输入数据文件，默认为TRUE。

Value

返回一个数据框，包含从指定资源获取的顺式pQTL数据，包含SNP、效应、p值等信息。